(1)不排胎便或胎便排出延迟：正常新生儿生后24h以内排胎便者占97.7%，过期产儿为100%，而24～48h以后排便者可能有器质性病变，由于病变肠管痉挛，胎粪无法通过狭窄区，以致大量潴留于乙状结肠形成腹胀，约有72%需经处理(塞肛，洗肠等)方能排便，经过治疗后有时患儿可以维持数天或1周排便功能，多数患儿又出现便秘，仅有少数病儿出生后胎便排出正常，1周或1个月后出现症状。
(2)腹胀：腹胀为早期症状之一，约占87%，新生儿期腹胀可突然出现，也可逐渐增加，主要视梗阻情况而定，至婴幼儿时期由于帮助排便的方法效果愈来愈差，以致不得不改用其他方法，久之又渐失效，便秘呈进行性加重，腹部逐渐膨隆，常伴有肠鸣音亢进。
(3)呕吐：新生儿HD呕吐者不多，但如不治疗，梗阻加重则呕吐可逐渐加重，甚至吐出胆汁或粪液，至婴幼儿期常合并低位肠梗阻症状，严重时有呕吐，其内容为奶汁，食物，最后由于肠梗阻和脱水需急诊治疗，经洗肠，输液及补充电解质后病情缓解，经过一段时间后上述症状又复出现。
(4)肠梗阻：Klein统计新生儿肠梗阻中，HD占第2位，第1位为坏死性肠炎，梗阻多为不完全性，有时可发展成为完全性，新生儿期梗阻情况不一定与无神经节细胞肠段的长短成正比，Martin均曾见到全结肠型无神经节细胞症1岁之前仍可排便之病例，除少数合并小肠结肠炎病儿外，多数患儿经过治疗可以缓解一段时间，无神经节细胞肠管持续性痉挛狭窄，使病儿长期处于不完全性低位梗阻状态，随着便秘症状的加重和排便措施的失效，病情可转化为完全性肠梗阻，而须立即行肠造瘘术以缓解症状，个别患者平时虽能排出少量稀便气体，但肠腔内已有巨大粪石梗阻。
(5)肛门指检：直肠肛管指诊对于诊断新生儿巨结肠症至关紧要，它不但可以查出有无直肠肛门畸形，同时可了解内括约肌的紧张度，壶腹部空虚以及狭窄的部位和长度，当拔出手指后，由于手指的扩张及刺激，常有大量粪便，气体排出呈“爆炸样”，腹胀立即好转，如有上述情况应首先考虑巨结肠的可能，婴幼儿时期肛检有时可触及粪块，拔出手指时或有气体及稀臭粪便排出。
(6)一般情况：新生儿由于反复出现低位性肠梗阻，患儿食欲不振，营养不良，贫血，抵抗力差，常发生呼吸道及肠道感染，如肠炎，肺炎，败血症，肠穿孔而死亡，至幼儿期，除上述症状外，患儿长期处于低蛋白血症，生长发育均差，加之肠内大量细菌繁殖毒素吸收，心，肝，肾功能均可出现损害.严重时患儿全身水肿，以下肢，阴囊更为显著。
