1986 — 1994 年的乌拉圭回合 (Uruguay Round) 在世界贸易史上具有特别的意义。正是在这个回合的谈判中，关贸总协定的成员们 确定以世界贸易组织 (World Trade Organization, WTO)取代关贸总协定(General Agreement on Tariffs and Trade, GATT)。
同时也是在这次谈判中，成员国达成了在农产品贸易政策上采取新的规定来减少农产品贸易壁垒的协议，这是乌拉圭回合最为重要的成果之一。从此，包括转基因农产品在内的一系列问题被提上了贸易谈判的日程，为以后的谈判提供了基础。在这之前，由于农业容易引起政治和社会问题的原因，各国在农业领域都实施农产品补贴政策，用以保护农业生产者。
在农产品贸易方面，关贸总协定给予了农业贸易差别待遇（Special and Differential Treatment，SDT），允许各国在农产品贸易上采取数量限制(Quantity Restrict)、出口补贴(Export Subsidy)以及国内支持(Domestic Support)等措施。
尽管更多贸易壁垒的消除还需要留待以后的谈判来解决，但是从总体上来说，乌拉圭回合仍然对农产品贸易有着积极的影响。它基本上提出了农业贸易中需要讨论的问题，包括：扩大农产品 市场准入 (Market Access) ， 削减农业补贴 ，减少对农业的 国内支持 以扩大贸易量， 动植物卫生检疫 (Sanitary and Phytosanitary, SPS) ， 农业生物技术（ Biotechnology in Agriculture） ， 贸易争端的解决机制 (Dispute Settlement) ， 国家干预 (State Trading Enterprises) 以及 发展中国家 (Developing Countries) 问题。
不仅如此，谈判还取得了初步的成果。在市场准入方面，成员国许诺用关税 (tariff)来替代非关税壁垒(non-tariff barrier)，并逐步降低这种关税，另外还将采用 关税配额 (tariff quota)等 方式来促进贸易的发展。
在补贴方面， 25个采取了出口补贴政策的成员国同意减少具体产品补贴的数量和在补贴上的总支出。在国内支持方面，谈判者们许诺将减少直接刺激农业生产的政策，但是这不包括那些被认为对农产品的生产只有极小影响的政策。这三方面被认为是贸易问题的三个“支柱”(pillars)。
谈判在其他方面也达成了一些协议。 在谈判中，发展中国家获准以更长的时间和更小的幅度降低其对农业的支持。 协议签订后，大多数成员国履行了他们的承诺，但是有些国家则运用各种手段规避对 WTO的承诺。因而成员国能否忠实地履行其承诺仍然是世界贸易组织面临的最大问题。
1986年9月在乌拉圭的埃斯特角城举行了关贸总协定部长级会议，决定进行一场旨在全面改革多边贸易体制的新一轮谈判，故命名为“乌拉圭回合”谈判。这是迄今为止最大的一次贸易谈判，历时7年半，于1994年4月在摩洛哥的马拉喀什结束。谈判几乎涉及所有贸易，从牙刷到游艇，从银行到电信，从野生水稻基因到艾滋病治疗。参加方从最初的103个，增至谈判结束时的125个。 谈判的结果使发达国家和发展中国家平均降税1／3，发达国家工业制成品平均关税水平降为3．6％左右。农产品和纺织品重新回到关贸总协定贸易自由化的轨道。创立了WTO并将关贸总协定的基本原则延伸至服务贸易和知识产权，达成了《服务贸易总协定》和《与贸易有关的知识产权协定》。修改和完善了解决争端的规则，其中有些措施是立即实施的。谈判以签署乌拉圭回合一揽子协议方式告终，协议对WTO成员均适用。
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