FAT16：我们以前用的DOS、Windows 95都使用FAT16文件系统，现在常用的Windows 98/2000/XP等系统均支持FAT16文件系统。它最大可以管理大到2GB的分区，但每个分区最多只能有65525个簇（簇是磁盘空间的配置单位）。
随着硬盘或分区容量的增大，每个簇所占的空间将越来越大，从而导致硬盘空间的浪费。 FAT32：随着大容量硬盘的出现，从Windows 98开始，FAT32开始流行。它是FAT16的增强版本，可以支持大到2TB（2048GB)的分区。FAT32使用的簇比FAT16小，从而有效地节约了硬盘空间。
NTFS：微软Windows NT内核的系列操作系统支持的、一个特别为网络和磁盘配额、文件加密等管理安全特性设计的磁盘格式。随着以NT为内核的Windows 2000/XP的普及，很多个人用户开始用到了NTFS。NTFS也是以簇为单位来存储数据文件，但NTFS中簇的大小并不依赖于磁盘或分区的大小。
簇尺寸的缩小不但降低了磁盘空间的浪费，还减少了产生磁盘碎片的可能。NTFS支持文件加密管理功能，可为用户提供更高层次的安全保证。 （1）FAT16 这是MS-DOS和最早期的WIN95操作系统中最常见的硬盘分区格式。它采用16位的文件分配表，能支持最大为2GB的硬盘，是目前应用最为广泛和获得操作系统最多的一种磁盘分区格式，几乎所有的操作系统都支持这一种格式，从DOS WINDOWS 95/98/NT/ME/2000/XP，甚至LINUX都支持这种分区格式。
但FAT 16分区格式有个最大的缺点，即磁盘利用效率低。因为在DOS和WINDOWS系统中，磁盘文件的分配是以簇为单位的，一个簇只分配给一个文件使用，不管这个文件占用整个簇容量的多少。这样，即使一个文件很小的话，它也要占用一个簇，剩余的空间便全部闲置在那里，形成了磁盘空间的浪费。
由于分区表容量的限制，FAT16支持的分区越大，磁盘上每个簇的容量也越大，造成 的浪费也越大。 （2）FAT32 FAT32格式采用32位的文件分配表，使其对磁盘的能力大大增强，突破 了FAT16对每一个分区的容量只有2GB的限制。由于现在的硬盘生产成本下降，其容量越来越大，运用FAT32的分区格式后，可以将一个大硬盘定义成一个分区而不必分为几个分区使用，大大方便了对磁盘的管理。
与FAT16相比，可以大大减少磁盘的浪费。提高磁盘利用率，目前，支持这一磁盘分区格式的操作系统有WINDOWS95/OS-2/98/2000/ME/XP。 FAT32分区格式也有它的缺点，首先用 FAT32格式分区的磁盘，由于文件分配表的扩大，运行速度比采用FAT16格式分区的磁盘要慢，且DOS系统和某些早期的应用软件不支持这种分区格式。
（3）NTFS NTFS分区具有极高的安全性和稳定性，在使用中不易产生文件碎片。它能对用户的操作进行记录，通过对用户权限进行非常严格的限制，使每个用户只能按照系统赋予的权限进行操作，充分保护了系统与数据的安全。但是，目前支持这种分区的格式的操作系统只有WINDOWS NT WINDOWS2000 WINDOWS2003 和WINDOWS XP 。
NTFS=新(N)技术(T)文件(F)系统(S) NTFS：微软Windows NT内核的系列操作系统支持的、一个特别为网络和磁盘配额、文件加密等管理安全特性设计的磁盘格式。NTFS也是以簇为单位来存储数据文件，但NTFS中簇的大小并不依赖于磁盘或分区的大小。簇尺寸的缩小不但降低了磁盘空间的浪费，还减少了产生磁盘碎片的可能。NTFS支持文件加密管理和压缩功能，可为用户提供更高层次的安全保证。只有Windows NT/2000/XP才能识别NTFS系统，NTFS是Windows NT/2000/XP专用格式，它能更充分有效地利用磁盘空间、支持文件级压缩、具备更好的文件安全性。如果你只安装Windows 2000/XP，建议选择NTFS文件系统。如果多重引导系统，则系统盘（C盘）必须为FAT16或FAT32，否则不支持多重引导。当然，其他分区的文件系统可以为NTFS。
也不一定哪个是最好的 NTFS在安全性上比FAT32要好些 稳定性上来说本人觉得FAT32好些 文件系统不定非得NTFS 根据自己的习惯设吧
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