纳豆激酶，可直接分解血栓，每克湿纳豆溶栓效果相当于尿激酶 1600IU。纳豆激酶对血栓的作用时间长达8-12小时，而尿激酶作用时间只有30分钟。尿激酶只能注射，纳豆激酶即可注射也可口服，而且可以在毛细血管中发挥作用。纳豆在日本已食用1000年，是一种安全的食用血栓预防剂。
纳豆菌在肠内大约能坚持1周左右，可以促进其它有益菌增殖。人体吸收的营养就成为肠内细菌的饵食而被吞噬，再加上纳豆激酶可燃烧脂肪,由此就能减肥。还有纳豆粘物质发挥了浸溶、包裹的作用。因而纳豆减肥是缓型有效的,不会反弹。然而餐后血糖值出现明显下降趋势，是非常直观的。
高血压一旦形成就很难逆转，最有效的方法就是控制血压。日本学者意外的从纳豆中找到降血压的物质，那就是纳豆激酶。纳豆激酶降低了血粘度，清理了血管内壁的中性脂肪，使血管通畅、弹性增加，血液循环加速，因而可以调节血压。它能有效的抑制血液中产生的高血压因子的数量，从而能有效、平稳地降低血压。
学实验证实，纳豆激酶有效降低总胆固醇以及三酸甘油酯的浓度，进而减少粥状动脉硬化的发生，纳豆菌食品之所以具有这些功效，据推测应该是来自於其高含量的抗氧化成份。因此纳豆激酶可以抑制血中的LDL(低密度脂蛋白，即胆固醇)，有效降低总胆固醇以及三酸甘油脂的浓度，进而减少粥状动脉硬化的发生。
