肝血管瘤一般不会出现严重的合并症,只是当瘤体破裂出血时才出现严重合并症。如膨胀的血管瘤瘤体破裂(外伤、粗暴体检、分娩时急产、人工呼吸挤压胸部等造成腹腔内出血、休克。尤其是自发破裂出血极易误诊,延误治疗死亡率极高.瘤体内出血侵蚀肝内胆道造成胆道出血,是胆质血症的原因之一.表现为右上腹绞痛、发热、黄疸、消化道出血。带蒂的肿瘤可发生蒂扭转、导致肿瘤坏死,疼痛、发烧、虚脱。婴幼儿可合并血小板减少性紫癜及纤维蛋白原缺乏症,引起致命的出血、溶血。造成凝血因子缺乏的主要原因为巨大的瘤体内血流缓慢,消耗、破坏血小板及凝血酶原,及某些因素影响下血小板减少所致。也可因血管瘤内动静脉分流,回心血量增多,心脏负担加重,而出现严重的充血性心力衰竭死亡率高达80%。
肝血管瘤的自然病程至今仍不很清楚。但从长期随访的病人可察到肿瘤生长十分缓慢,随着年龄的增长可发生退行性变，瘤内血管栓塞,瘤体局灶坏死、液化、纤维化、钙化。
