加强自然保护区建设力度和监管水平的重点地区及其对应生态系统具体包括：东北山地平原区：以东北虎、远东豹等大型猫科动物为重点保护对象的自然保护区间生物廊道和跨国界保护区；跨国界湿地保护区；以松嫩一三江平原、滨海地区、黑龙江、乌苏里江沿岸、图们江下游和鸭绿江沿岸的沼泽湿地及珍稀候鸟迁徙地繁殖地、珍稀鱼类和冷水性鱼类为保护对象的自然保护区；以国有重点林区的典型寒温带及温带森林类型、森林湿地生态系统类型为保护对象，以及以东北虎、原麝、红松、东北红豆杉、野大豆等珍稀动植物为保护对象的自然保护区。
  蒙新高原荒漠区按山系、流域、荒漠等生物地理单元和生态功能区建立和整合自然保护区，扩大保护区网络。加强对野骆驼、野驴、盘羊等荒漠、草原有蹄类动物以及鸨类、蓑羽鹤、黑鹳、遗鸥等珍稀鸟类及其栖息地的保护。华北平原黄土高原区：以建立自然保护区为主，重点加强对黄土高原地区次生林、吕梁山区、燕山一太行山地的典型温带森林生态系统、黄河中游湿地、滨海湿地和华中平原区湖泊湿地的保护，加强对褐马鸡等特有雉类、鹤类、雁鸭类、鹳类及其栖息地的保护。
  青藏高原高寒区：加强原生地带性植被的保护，以现有自然保护区为核心，按山系、流域建立自然保护区，形成科学合理的自然保护区网络。加强对典型高原生态系统、江河源头和高原湖泊等高原湿地生态系统的保护，加强对藏羚羊、野牦牛、普氏原羚、马麝、喜马拉雅麝、黑颈鹤、青海湖裸鲤、冬虫夏草等特有珍稀物种种群及其栖息地的保护。
  西南高山峡谷区：以喜马拉雅山东缘和横断山北段、南段为核心，加强自然保护区整合，重点保护高山峡谷生态系统和原始森林，加强对大熊猫、金丝猴、孟加拉虎、印支虎、黑麝、虹雉、红豆杉、兰科植物、松口蘑、冬虫夏草等国家重点保护野生动植物种群及其栖息地的保护。
  中南西部山地丘陵区：重点保护我国独特的亚热带常绿阔叶林和喀斯特地区森林等自然植被。建设保护区间的生物廊道，加强对大熊猫、朱鹮、特有雉类、野生梅花鹿、黑颈鹤、林麝、苏铁、桫椤、珙桐等国家重点保护野生动植物种群及栖息地的保护。华东华中丘陵平原区：建立以残存重点保护植物为保护对象的自然保护区、保护小区和保护点，在长江中下游沿岸建设湖泊湿地自然保护区群。
  在长江流域及大型湖泊建立水生生物和水产资源自然保护区，加强对中华鲟、长江豚类等珍稀濒危物种的保护，加强对沿江、沿海湿地和丹顶鹤、白鹤等越冬地的保护，加强对华南虎潜在栖息地的保护。华南低山丘陵区：加强对热带雨林与热带季雨林、南亚热带季风常绿阔叶林、沿海红树林等生态系统的保护。
  加强对特有灵长类动物、亚洲象、海南坡鹿、野牛、小爪水獭等国家重点保护野生动物以及热带珍稀植物资源的保护。海洋与海岸带：海洋沿岸湿地生态系统，具体包括沿海地区红树林、珊瑚礁、海草床、滨海湿地生态系统以及重要海岛生态系统。