农村河道主要分布在农田区域。农田耕作区河道污染主要是由施肥、农药喷洒过程中产生的。化肥是人们根据农作物的生长需求，采用物化等手段，人为地制成含有一种或多种作物生长所需营养元素的肥料。由于很多田地自身营养成分如氮、磷、钾等匮乏，无法满足农作物生长的需求，为了实现农作物的正常生长，保证农作物的收成，就需要通过使用化肥来提升土壤的肥力，满足农作物生长。
目前，氮肥、磷肥以及钾肥是我国年生产量与使用量最大的几种化肥产品。化肥的使用在提高农作物收成方面起到了十分重要的作用；但是，越来越多的化肥施用到田间，伴随而来的问题也日益显现。由于当前化肥生产技术等原因，导致化肥中可为农作物生长吸收的营养成分含量不是很高，或者虽然很高但是农作物吸收却有限。
为了尽可能满足农作物的需求，化肥的施用往往是过量的，而且化肥的施用还需要水分的存在，这样才能保证对化肥的有效吸收。如此一来，就会产生化肥的流失造成对河道的污染。氮、磷成分一旦进入到河道中，若条件适宜，就会为水体中的微生物吸收利用，形成藻类等生物的疯长，并为河道水体带来一系列的危害。
农药的使用是从另一个角度对农作物的生长加以保障而采取的人为措施。农药是指在农业生产中，为保障、促进农作物的成长，所施用的杀虫、杀菌、杀灭有害动物（或杂草）的一类药物的统称，特指在农业上用于防治病虫以及调节植物生长、除草等药剂。最早使用的农药有滴滴涕、六六六等产品，由于杀虫效果好、药效持久等原因得到了广泛使用。
但由于此类农药的难降解性，经过生物体的富集等作用，会经食物链对人体产生危害，因此一些替代产品如有机磷农药等应运而生，但是此类农药仍具有较强的毒性，所以当前的农药研制正朝着高效、低毒、广谱的环境友好型的方向发展，如激素类农药等。目前，农药的使用量越来越大，这一方面与农作物的种植面积有关，另一方面也与农作物害虫的抗药性增强有关。
由于生物体存在自然变异，针对某种农业害虫开发的农药经过一定时期的使用后，此类害虫中某些因变异而对其产生抗药性的品种得以被筛选存活下来，此类农药便失去了使用价值。对于这种情况，由于缺乏科学的认识以及及时有效的农药的研发，往往导致农药的过量喷洒。
虽然大量的农药使用仍可起到一定的杀虫作用，但是带来的环境危害同样显而易见。大量的农药残留成分经雨水、农作物灌溉排水等过程被排放到“非作用区”，如河道水体中、水产养殖区，造成水体污染，甚至造成副业，如渔业等的损失。化肥的过量使用与农药的喷洒是造成农田区域内河道污染的主要因素。
当然，诸如农作物秸秆的随意丢弃等同样会对河道功能的正常发挥产生不利影响，造成诸如堵塞、淤积等问题的产生。
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