头孢菌素类抗生素由于具有高效、低毒的特点，临床使用越来越广泛，但如大剂量或长期使用，也可引起严重的不良反应。消化道反应匀菌群失调：多数头孢菌素可致恶心、呕吐、食欲不振等反应，并抑制肠道正常菌群，导致维生素B和维生素K的缺乏，甚至引起二重感染，如假膜性肠炎、白色念珠菌或其他不敏感菌的感染。
肾毒性：多数头孢菌素由肾排泄，可致血尿素氮和血肌酐值升高、少尿、蛋白尿等。严重者引起肾功能衰竭，第一代头孢菌素肾毒性较强，第三代肾毒性较弱。兼用氨基糖苷、利尿药、右旋糖酐等均可增加肾毒性。肝毒性：可导致丙氨酸转氨酶、天冬氨酸转氨酶、碱性磷酸酯酶、血胆红素值等升高，但一般不严重。
造血系统反应：可致红细胞、白细胞减少、血小板减少、血红蛋白减少以及嗜酸细胞增多等。凝血劢能障碍:所有的头孢菌素都能抑制正常菌群，减少维生素K的产生。具有 甲硫四氮唑基因的头孢菌素可与维生素K竞争，而致凝血障碍。还有一些头孢菌素具有抗血小板聚集的作用，以致此类不良反应增多。
过敏反应:常见为皮疹及药物热。尚可致哮喘、血清病样反应、血管神经性水肿以及过敏性休克等。
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