按照农村常见的发酵原料来划分，沼气的发酵工艺主要可以分为：全秸秆沼气发酵、全秸秆与人畜粪便混合沼气发酵和完全用人畜粪便沼气发酵三种。各种不同的沼气发酵工艺，在投料时原料的搭配比例和补料量也各有不同。比如，采用全秸杆进行沼气发酵，在投料时可一次性将原料备齐，并采用浓度较高的发酵方法；采用全秸杆与人畜粪便混合进行沼气发酵，则秸杆与人畜粪便的比例按重量比为1:1为最适宜，在进行发酵的过程中，多采用人畜粪便的补料方式；而完全采用人畜粪便进行沼气发酵时，可以在运行过程中采用间断补料或连续补料的方式进行沼气发酵。最初投料的发酵浓度是指原料的干物质重量占发酵料液重的百分比，用公式表示为：浓度=(干物质重量/发酵液重量）X 100%。在我国南方的农村，发酵的浓度一般是控制在6%左右，而在北方的大部分地区，发酵浓度则可以达到8%左右。
