生物科技在现代农业生产中的应用，除了作为农药以外， 还十分广泛，比如，当今农业生产中大量使用化学肥料，不仅仅施肥效率较低，而且还造成了土壤板结等土地污染，所以寻找优质肥料一 直是科学家们所一直追求的。比如，现今社会利用微生物化肥在农业生产中进行作物施肥，其不仅远超化学肥料的作用，还能够有效保护 环境的巨大益处，已逐渐被人们所认识。
与人类数千年的农业生产中一直施用的化学肥料相比，微生物肥料有着极为显著的特点和优势。 首先，化学农药容易造成土壤板结，但是微生物肥料作为现代生物科技的产品，其本身成分就是地球自然界中所广泛存在的生物族群—— 微生物，所以施用后，其会成为生物圈中有机的一员，也会进入食物链中，不会对于其他生物和土壤产生不利影响；其次，微生物肥料现 在虽然刚刚处于起步阶段，但是其在生产上，与传统化学肥料的相比，已经非常明显地显现出来它的巨大优势，并且被人类所认知、利用。
运用现代先进的生物科技进行规模化的微生物肥料的生产，不会像生产传统化学肥料一样产生大量的废水废气和有毒物质而造成极大环境 污染；最后，就施用肥料要达到的最根本愿望——农作物增产来说， 微生物肥料具有极大地生物活性，可以有效地对于作物进行目的性地增肥以期能够获得高产，而传统化学肥料由于其大多是化工产物，所 以往往会凝结在土壤里而不被农作物所吸收利用，不仅仅是极大地浪费，而且还对于环境和土壤造成极为不利的影响。
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