1398年，明太祖朱元璋逝世，因为太子早死，便由其22岁的孙子朱允坟即位，史称明惠帝，年号建文。朱元璋其有26个儿子，长子即太子，也就是朱允炊的父亲早死，另一幼子也早死；其他24个儿子，全都被分封为亲王，到各重要地区驻守。这些亲王每人都拥有15000人左右的护卫部队。
  在北方边疆地带，共有9个亲王。地方的军事调动，都要先报请亲王核准。这种现象类似于西汉王朝时的藩王，手握重兵的亲王让少年皇帝朱允玟十分不安。朱允坟最亲信的大臣黄子澄、方孝孺等，一致主张迅速削藩。朱允坟于是在登基的当年，就派遣军队奇袭开封，把分封在开封的周王朱棟逮捕，废为平民，贬谪到云南。
  这一来，所有的亲王都大为震恐。1399年，朱元璋的第四个儿子——分封在北平（今北京）的燕王朱棣叛变，他率军南下，以诛齐、黄为名，起“靖难军”，夺取了河北大部。朱允坟先后派老将耿炳文和膏粱子弟李景隆率师北伐，都被燕师打败，朱允坟纵火焚宫自杀。经过4年史称“靖难之役”的战争，朱棣夺取了帝位，改元永乐，是为明成祖。
  朱棣称帝后，继续实行削弱藩王实力的政策。他把齐王废为庶人，将宁王徙封南昌，谷王徙封长沙。这样，军政大权进一步集中到了皇帝手里。除此之外，朱棣也展开了大屠杀。首先便将黄子澄全族杀死；其次是处斩户部侍郎卓敬，灭其三族，礼部尚书陈迪被磔死，他的6个儿子也被杀，亲属180余人，廷杖后贬窜蛮荒。
  这一场屠杀，死了 14000余人，罪犯的妻子和女儿，除了斩首的，大都发配为家奴或奴隶，或发配给妓院。著名的文学博士方孝孺，是明初著名的理学家、文学家，通经史，擅诗文，博学多才。朱棣攻占应天后，因方孝孺的文名，曾逼他为自己起草登基诏书。方孝孺自从惠帝死后，日夜恸哭。
  
  听到朱棣召见，就身穿麻衣（古代的孝服）来见朱棣。朱棣见方孝孺身穿麻衣，非常生气，逼他草诏。方孝孺走到案前，提起笔，在诏书上大书了一个“篡”字，然后将笔扔在地上，对朱棣说：“万世之后，你也脱不得此字!”朱棣大怒，喝道：“你不怕我灭你九族吗?”方孝孺从容地回答说：“即使灭十族，又敢奈我何?”朱棣说：“好，就灭你十族!”。