对秸杆进行预处理是提高秸秆的利用率和产气率的一种有效手段。秸秆预处理研究主要体现在营养调节和性质改善两个方面。营养调节主要体现在C/N上，常见的做法有两种，一是与C/N低的发酵原料混合发酵，另外就是添加一些化学元素，如尿素或碳酸氢铵。化学预处理通常需要辅助热处理，促进秸秆与这些化学制剂之间发生反应，使更多的可溶物质释放。
  用于秸秆化学处理的化学试剂很多，碱化处理的制剂有NaOH、Ca(0H)2、KOH、NaHC03等；氨化处理的有液氨、尿素和NH4HCO3等；氧化还原类的有氯气、各种次氯盐酸、H202和SO2。生物方法就是利用具有强木质纤维素降解能力的微生物对秸秆先进行固态发酵，把作物秸秆中的木质纤维素预先降解成易于厌氧菌消化的简单物质，以缩短随后的厌氧发酵时间、提高干物质消化率和产气率。
  食用真菌被认为是木质纤维素降解能力较强的菌属之一"。堆沤处理是秸秆发酵预处理的有效方式，有利于提高秸秆利用率和产气率。操作要求为：第一步，将秸秆铡成6厘米以下小段或直接粉碎（粒度10毫米）。第二步，将切碎或粉碎的秸秆用水（粪水更佳）湿润，秸杆与水的重量比为1:(1~1。
  2)，润湿1天左右。第三步，将湿润好的秸杆加人全部发酵菌剂和全池所需氮素化肥总量的一半量（o另一半直接分层加入池内），再补加一定量的水，进行混合，拌匀。加水量以秸秆不渗出水为宜(用手捏紧，有少量的水滴下）。第四步，覆膜堆沤。将拌匀的秸杆用塑料薄膜覆盖，气温15℃左右时堆沤4~5天，气温20℃以上时堆沤2~3天，当秸秆生出菌丝后，即可入池。
  
  在北方由于气温低，宜采用坑式堆沤。在南方由于气温较高，用上述方法直接在地上堆怄即可。无论在南方还是北方，都可直接在沼气池内进行发酵原料的预处理。切记，不要在温室大棚内、密封的猪圈内和居民房内堆沤发酵原料，以免产生有害气体危害人畜或氨气毒害蔬菜花卉。