一、工作原理的不同不论是二种程发动机还是四冲程发动机，都要经过进（扫）气、压缩、燃烧膨胀、排气四个工作过程，才能完成一个工作循环。所不同的是： 1、在四冲程发动机中，曲轴每旋转两圈（720度），活塞往复移动两次，发动机完成一个工作循环，即每四 个冲程完成一个工作循环。
  而在二冲程发动机中，曲轴每旋转一圈（360度），活塞往复移动一次，发动机完成一个工作循环，即每二个冲程完成一个工作循环。 2、二冲程发动机与四冲程发动机每完成一个工作循环，其进、排气门或进、排、扫气口都只开启和关闭一次，但其开启和关闭的时间周期不同。
   二、发动机性能上的特点 1、二冲程发动机曲轴每旋转一圈，就有一个作功冲程。因此，在转速、进气条件等因素相同的条件下，理论上讲，二冲程发动机所能产生的功率应等于相同工作容积四冲程发动机所产生的功率的两倍。但因二冲程发动机的废气排出不完全，同时，由于扫气口先于排气口关闭而产生额外排气，所以实际上，二冲程发动机并不能等于四冲程发动机的二倍，而是1。
  5-1。7倍。 2、由于二冲程发动机的换气，有一部分可燃混合气随废气一同排出，因而燃油和润滑油消耗量都大。 3、由于二冲程发动机的换气时间短促，换气不完善，因而缸内残余废气较多，低速失火率高，燃烧情况差，加上换气过程中部分可燃混合气未参与燃烧就随废气排出去了，因此，排放污染严重，污染物中的HC值远高于四冲程发动机。
   4、由于二冲程发动机作功冲程频率大，故工作较平稳。 5、由于二冲程发动机作功冲程频繁，每转需燃烧一次，因此发动机各零部件受热程度比四冲程发动机高得多，特别是活塞更为严重。 三、总体布置的区别 1、四冲程发动机具有一套复杂的气门式配气机构，由凸轮轴控制气门定时开启、关闭，来完成进、排气过程。
  而二冲程发动机没有设置专门配气机构，它是利用活塞控制排气口和扫气口的开闭来完成扫气、排气过程的。 2、二冲程发动机的扫气、排气都在活塞下止点附近进行，气口都在气缸的下端，以下止点为对称布置。而四冲程发动机的配气机构设置在气缸盖上（或气缸体的侧面）。
   3、二冲程发动机一般采用混合润滑方式或分离润滑方式，四冲程发动机一般都采用压力润滑与飞溅润滑相结合润滑方式。 四、零部件结构上的差异 1、二冲程发动机大多采用曲轴箱扫气，因此，在曲轴箱上开有进气窗口，作为混合气进入曲轴箱的通道。它的开闭常用簧片阀、旋转阀或活塞阀来控制。
  由于曲轴箱里容纳来自化油器的混合气，因此，要求曲轴箱具有气密性。四冲程发动机曲轴箱有压力油道或油管等。 2、二冲程发动机在气缸体下部设有排气口和扫气口，有的还有进气口。 3、二冲程发动机的气缸盖结构简单，没有进、排气口及配气机构，也没有润滑油道。
  四冲程发动机的气缸盖是一个非常复杂的部件。上面有进、排气口，气道，润滑油道，和安装在它上面的气门、气门导管、气门弹簧、摇臂、摇臂轴、凹轮轴及其驱动机构等，还需有化油器（或进气管）和排气管消声器等的安装孔座。 4、二冲程发动机的活塞环只有气环，没有油环。
  而四冲程发动机的活塞环既有气环，也有油环。二冲程发动机活塞的环槽内压有定位销，限制气环转动，以防止环开口转到气口位置时拉伤气缸体内表面甚至使环折断。 5、二冲程发动机的活塞裙部相对于四冲程发动机的活塞裙部要长些，同时二冲程发动机的活塞裙部开有窗口或缺口，以便与气缸体构成进气或扫气通道。
  
   综上所述，虽然二冲程发动机存在着一些缺点，但由于结构简单，体积小，重量轻，升功率高，价格低廉，所以在轻便摩托车和中、小排量的摩托车上得到较广泛应用（如CL50QT、CL50QT-5等）。近年来随着政府机构对机动车辆尾气排放的关注，制定了严格的排放法规，民众的环保意识的加强以及摩托车生产技术的进步，二冲程发动机逐步被四冲程发动机所代替。