“衍圣公”这一爵位一般是严格按照宗法制度承袭的。父亲 死后传位给嫡长子，依次代代递袭。但在历史上也曾出现过特 殊情况，那就是孔氏后裔的南北宗问题。北宋末年，金兵南下灭宋，康王赵构南渡，建立南宋政权。 建炎二年（1128年），宋高宗诏第四十八代衍圣公孔端友前往扬 州参加祭孔陪祀。
  孔端友及部分孔裔随驾南渡，背负子贡手刻 孔子和亓官夫人楷木像，到浙江衢州兴建家庙，定居于此。孔端 友死后没有儿子，其弟孔端操的四子孔价成为继承人，袭封衍圣 公。其后世子孙孔搢、孔文远、孔万春、孔洙都享有南宋的“衍圣 公”封号。金兵入主中原，建立伪齐刘豫政权，刘豫为拉拢汉族士大 夫，在車昌二年（1131年）将孔端友之弟孔端操的二儿子孔墦封 为“衍圣公”，主持曲阜孔庙祭祀。
  及至刘豫败灭，金熙宗于公元 1139年时仍封孔潘为衍圣公，是为北宗。三传至孔元措，随金政权迁于汴京，有族兄孔元用权且袭封衍圣公，留曲阜主祀事。南 宋理宗宝庆元年（1225年）收复山东，次年改授孔元用之子孔之 全为衍圣公，及至蒙古攻占曲牟，仍以孔之全为衍圣公。
  此时， 蒙古、金、南宋各有一位衍圣公。元朝灭宋统一中国，宪宗元年（1251年）封北宗第五十二孙 孔浈为衍圣公。由于孔浈是孔元措的侄子的妾所生，曾随母亲 被正妻赶走改嫁，长大后才被孔元措领回作继承人，因此，孔浈 被孔氏族人攻击，说他不是孔子的后代，上书揭发，次年被免去 “衍圣公”的封号。
  从此北宗未立衍圣公，爵位虚悬。后来元世祖忽必烈于至元十九年（1282年）访查孔族，拟确 立衍圣公，诏当时任南宗第六代衍圣公的孔。洙来京议封。孔洙 称在衢州本支祖茔已有五代，难以离弃，而曲阜子孙守墓有功， 愿让爵于北宗。忽必烈赞叹不已，盛誉孔珠为真圣人的后裔，于 是封孔洙为国子监祭酒、承务郎，免去衍圣公封号，但未立封北 宗。
  
  直到元成宗元贞元年（1295年）才封孔之全之子孔治为衍圣 公，以致北宗衍圣公中断了四十三年。孔洙以后的孔氏南宗自此走向民间，或为学官，或当山长， 建校办学，弘道乡里，活跃于东南诸省，为儒学南渐、理学北传 贡献自己的聪明才智。明朝正统元年（1436年），英宗皇帝下 旨“访求衍圣公孔端友后”，孔洙六世孙孔彦绳遂于正德元年 (1506年）重新被封为“世袭翰林院五经博士”，以奉家庙祭祀。