一、专业不同
1、机电一体化又称机械电子学，英文称为Mechatronics，它是由英文机械学mechanics的前半部分与电子学electronics的后半部分组合而成，机电一体化最早出现在1971年日本杂志《机械设计》的副刊上。
机电一体化是由计算机技术、信息技术、机械技术、电子技术、控制技术、光学技术等相融合构成的一门独立的交叉学科。机电一体化主要发展方向为智能化，模块化，网络化，微型化，系统化等。
2、电气自动化专业培养的学生要具备电工技术、电子技术、控制理论、自动检测与仪表、信息处理、系统工程、计算机技术与应用和网络技术等较宽广领域的工程技术基础和一定的专业知识。
能在运动控制、工业过程控制、电力电子技术、检测与自动化仪表、电子与计算机技术、信息处理、管理与决策等领域从事系统分析、系统设计、系统运行、科技开发及研究等方面工作的高级工程技术人才。
二、主要课程不同
1、机电一体化专业
主要开设《电机及其应用》、《工厂电气控制设备及其应用》、《单片机控制技术应用》、《传感器技术应用》、《电力电子与电机调速技术应用》等核心课程。电工电子技能训练、工厂电气控制实训、PLC（即可编程逻辑控制器）应用技能实训、电气设备运行与维护实训等实践环节。
2、电气自动化专业
高等数学、线性代数、概率统计、工程数学（复变函数与积分变化）、大学物理、现代工程制图、计算机基础及C程序设计语言实验、计算机基础及C程序设计语言、MATLAB编程与工程应用、电工电子测量技术及实验、电路原理、电子技术基础、、电子系统设计与实践、工程训练、信号与系统。
三、就业方向不同
1、机电一体化专业
从事机电一体化液体灌装生产线及商品包装自动化机械运行、维护、管理、技术改造等工作的机电一体化高等技术应用性专门人才.
可在大型啤酒、饮料、食品及商品包装生产企业从事现代化自动机与生产线的维护和管理工作，也可在相关的自动机与生产线的生产厂家或设计部门、营销单位从事技术工作。
2、电气自动化专业
主要从事与电气工程有关的系统运行、自动控制、电力电子技术、信息处理、试验分析、研制开发、经济管理以及电子与计算机技术应用等领域的工作。