根据新生儿脓疱病以大脓疱随后出现全身症状的特点可以诊断，但要与下列疾病鉴别：
(1)金葡萄性烫伤样皮肤综合征可能是本病的严重类型。起病急，有严重的全身症状，皮损主要是大水疱，尼氏征阳性、剥脱显著，不具有大脓疱损害。
(2)遗传性大疱性表皮松解症水疱多发生在手、足部等易受外伤和摩擦的部位，大疱内容澄清，常有家族史。
检查方法：
实验室检查：
白细胞总数、中性粒细胞均可增高，皮损泛发者血沉、黏蛋白可增高，痊愈后恢复正常。由链球菌引起者抗“O”一般增高。脓液培养多为金黄色葡萄球菌，约为90%。血浆凝固试验大多呈阳性。噬菌体分型以Ⅱ群71型最多，达57%。药敏试验对青霉素大部分耐药。
其他辅助检查：
脓疱位于角层下，内含多数中性粒细胞、纤维蛋白和球菌，大疱底部可见少数棘突松解细胞，棘层有海绵形成及中性粒细胞浸润，真皮上部有明显血管扩张、水肿及中性粒细胞和淋巴细胞浸润。
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