在新栽培的植株，每年要上肥2-3次，第一次次就是苗期上肥，为了促进麦苗成长，使其成长旺盛。这时在施入基肥后，可可以每亩施用过磷酸钙20-25千克，在拌入1.5-2.5千克的尿素，可开沟施入。第二次在8月时，这次上肥首要是经过麦苗的抗寒力，可每亩施用腐熟堆肥1500-2000千克，在调配适量的氮磷钾复合肥，撒施后培土。
在砂仁进入到花期是，对于营养的需求较大，为了进步坐果率和结实率，在花期要施壮花肥，在花期可每亩追施腐熟粪水1000千克、尿素3-5千克。在砂仁含苞待放时，可经过叶面喷肥的方法，保持微量元素，可用低浓度磷酸二氢钾和硼酸混合液喷施叶面，每亩100千克左右。
砂仁在果期时，如果管理不当，极易引发落果现象，所以在5-6月时，为了防备落果现象，在花末期和幼果期，要及时喷洒磷酸二氢钾溶液，可用进步保果率。也可以喷洒0.5%尿素溶液，能促进幼果膨大和减少落果。在采果后，植株消耗很多的营养，这时要结合割枯老苗，每亩施入熟堆肥2500千克、豆麸50千克、过磷酸钙20-25千克，使其堆集营养，赶快恢复树势。
砂仁花期管理
砂仁花期在4—6月，分三个阶段：初花期约5—10天，开花占总花数10％—20％盛花期约15—20天，开花占总花数60％—80％，是人工授粉最佳时期末花期约5—10天，开花占总花数的10％—20％。在盛花期早上6时开放，下午2时调萎，花药散粉在上午8时至10时最多，应在此时进行人工授粉。方法有两种：一是抹粉法，用左手拇指和中指挟住花冠下部，用右手食指或竹片挑起雄蕊，将花粉抹上柱头，可自花或异花授粉，效果很好二是推拉法，以拇指和食指挟住雄蕊和唇瓣，拇指将雄蕊向下和往上推拉，将花粉擦上柱头，推拉时用力要适当，防止损伤柱头。人工授粉可增加坐果率40％以上。影响落果因素很多，过于干旱、积水、阴蔽、强阳光等都会导致落果，但最关键是养分不足，故幼果期注意护理，最好喷施植物激素，预防落果。