2011年9月14日， 财政部、科技部日前发出《关于调整国家科技计划和公益性行业科研专项经费管理办法若干规定的通知》，就调整课题经费开支范围，强化预算编制和评估评审要求，加强资金拨付和结存结余经费的管理等问题作出新的规定。
调整课题经费开支范围方面，建立课题间接成本补偿机制，将课题经费分为直接费用和间接费用。间接费用使用分段超额累退比例法计算并实行总额控制，按照不超过课题经费中直接费用扣除 设备购置费后的一定比例核定，具体比例如下：500万元及以下部分不超过20%超过500万元至1000万元的部分不超过13%超过1000万元的部分不超过10%。间接费用中绩效支出不超过直接费用扣除设备购置费后的5%。
强化预算编制和评估评审要求方面，课题申请单位应科学、合理、真实地编制课题经费预算。课题直接费用各项支出不得简单按比例编列。课题经费预算评估评审中，不得简单化地按比例核减课题直接费用预算。建立健全课题经费预算评估评审的沟通反馈机制。
《 通知》提出，财政部正式批复部门预算前可以从1月1日起按“二上”预算数的1/4支付课题预算经费。课题结余经费应当按原渠道收回科技部或相关主管部门，由科技部或相关主管部门按照财政部关于财政拨款结转和 结余资金管理的有关规定执行。
同时，对非涉密课题预算安排情况进行公示，接受社会监督逐步探索建立课题绩效情况公示制度积极推进对违规使用科研经费的行为进行公开。
纵向科研经费实行预算管理，执行国家相关经费管理办法，严格按照项目主管部门批复的预算范围和开支比例规范使用科研经费。
横向科研经费实行合同管理，必须按照项目合同书中约定的经费使用用途、范围和开支标准，执行国家和学校相关办法，合理、规范使用科研经费。科研经费预算经批准后一般不作调整。支出预算中的劳务费、专家咨询费和管理费预算不予调整，其他支出科目在不超过该科目核定预算10%或超过10%但调整金额不超过5万元的，经科研财务管理科审核确认，可以根据项目研究需要调整执行。
确因项目研究目标、重大技术或主要研究内容调整而必须对项目经费预算进行调整，超过上述控制范围的，由项目负责人提出调整意见，经科研财务管理科审核后，按程序报主管部门批准。