一．根茎不同
牡丹和芍药其实根本不属于一种类型的植物，它们虽然都是属于芍药科属的，但牡丹是落叶的灌木类植物，而芍药则属于草本植物。由此也可以看出，牡丹和芍药最大的不同，就是芍药可以入药，它是有药用价值的，芍药的根茎是像小草一样的。
牡丹，还有另一个名字叫做“木芍药”， 是因为牡丹的根茎子是木质的，而且牡丹是多年生的木本植物，因此它在地上的枝条根茎在冬天的时候数是不会枯萎的，芍药则不同了，它是多年生的草本植物，每年冬天的时候，大部分的根茎都会枯萎掉，第二年的时候再重新发芽生长。所以我们常常看到牡丹的根茎是黑色的，而芍药的根茎常常是青绿色的。
也因此，他们根茎和枝条的手感摸起来也不尽相同，芍药作为草本植物，它的花枝要更加柔软一些，而牡丹的花之则更加硬朗结实一些。所以最佳区分芍药和牡丹区别的就是去观察，触摸一下他们的根茎就很直接明了的得出他们哪一个是牡丹，哪一个是芍药了。但是这种方法并不适用于芍药和牡丹杂交品种的区分，因为两种品种进行杂交之后，新品种的可变性会大很多，所以这并不能作为完全判断两者之间的根本依据。
二．花期不同
芍药和牡丹的花期也不甚相同，牡丹常常开放在三月份左右，而芍药常常是五月份的春末夏初时期开放，民间也因此有一个说法，叫做“谷雨看牡丹，立夏看芍药”。芍药的开放时间常常是在牡丹完全凋谢之后才会绽放，我们很少可以看到牡丹和芍药同时开放的盛况。
很多喜爱花的人会将牡丹和芍药混合种植，这样它们之间的花粉就会互相传播，不仅可以通过这种方法获得新的杂交品种，让芍药和牡丹的新品种越开越漂亮，而且因为牡丹和芍药的花期正好相错开，牡丹绽放凋谢之后，接着芍药就会绽放，他们彼此依次绽放，让观赏的时间大大加长，对于喜欢看花的人来说，这等美事岂不乐哉
不仅如此，因为牡丹的生长高度要比芍药要稍高一些，所以人为性地温室种植培育之后，将牡丹和芍药在室内展出摆放时，我们可以很幸运的看到牡丹和芍药高低错落有致，十分具有层次感，而且两大名花同时绽放，更是美不胜收，对于观赏性来说是极佳的。
有一些书籍上，他们认为牡丹是帝王，芍药是宰相，牡丹和芍药在一起，就并称为“姊妹花”，所以在庭院中种植牡丹和芍药的话，两者常常是密不可分的最佳搭配对象。
三．叶片外观不同
除了花期和科属，芍药和牡丹从叶片的外形上看是可以区分他们的，牡丹的叶片在开端的时候就是分裂开的，而芍药的叶片在末端的时候是呈现尖尖的一个状态，所以想要区分芍药和牡丹只要看它们叶片的先端就知道了。
除了先端分裂与不分裂的区别之外，还有一个区别是牡丹的叶片比较宽，而且，绿色的叶片中常常会透出黄色的颜色，它的叶片光洁，没有小绒毛，叶片的下面会有一些白色的粉末。而芍药的叶片就与牡丹宽宽的叶片不同了，它的叶片比较狭窄，更加有光泽度，像是打了蜡一般的光滑明亮，而叶子的密度和数量都要比牡丹多一些。
牡丹的叶片看起来更像是“大家闺秀”，芍药的叶片看起来更加温婉，似“小家碧玉”。
还可以从牡丹与芍药的花朵外形上来区别两者，这就更加考验眼力了。首先，牡丹的花朵会比芍药的要大一些，它的直径一般可以达到10到17cm之间，花瓣数量一般为五瓣或者重瓣，并且它的花瓣是向外绽放的，牡丹的颜色数量要比芍药多很多，它花色的变异概率非常高，甚至是极为稀少的绿色的颜色也会有出现在牡丹花之中。想要相比起来，牡丹的花型就要相对小一些了，它的直径一般处于8到11.5 cm之间，花瓣的数量也比牡丹多一些，一般是5到13枚。
从赏花的角度来看，牡丹的花朵更加的端庄高贵，而芍药的花朵显得清新婉约许多。这种方法来区分芍药和牡丹的话，就全凭着眼力和经验了，相信阅花无数的人，一眼分辨芍药和牡丹的直觉是一定有的。而且牡丹常常是一朵生长在顶端，而芍药则是好几朵同时生长在顶端，因此，在古代生活当中，常常用牡丹来比喻皇后，也是十分恰当的，象征着独一无二的地位，和母仪天下的气态。如果一定要拟人化的描绘芍药的话。那么芍药就是养在长安城闺阁中的少女，它们体态轻盈，腰肢柔软，弱柳扶风。
四．花瓣形态不同
牡丹和芍药的花瓣也有细微的不同之处，牡丹的花瓣形状比较圆润柔美，没有特别强烈的褶皱的感觉，在视觉上它会看起来更加的舒展。但芍药的花瓣是一半贴着一半的，更加的紧密，花瓣上的褶皱也会很多，并不如牡丹花瓣那般的平滑，像含羞的女子一般，同时也更加传达了芍药的花语：“情有独钟，依依不舍”，其中《诗经·郑风·漆消》这篇写到：“维士与女，伊其相谑，赠之以芍药”。
由此可以看到，几千年以前，清新娇媚的芍药就被青年男女当做互相嬉戏，表达爱情的信物了。所以从视觉角度来看，牡丹更加的大气，高贵，而芍药就像是软妹子一般，体柔腰娇易推倒。
牡丹和芍药的渊源从一开始就有了，从古时候诗人就用芍药牡丹来作诗吟对开始，到现在的芍药与牡丹的观赏种植，这两种花朵常常并肩出现在舞台之中。为此，中国农业出版社还出版了一本叫做《芍药与牡丹》的书籍，这本书中，其中讲述了美国，日本和欧洲这些发完国家对上要与牡丹的栽培技术，从栽培历史开始到品种的选育，再到如何对芍药牡丹的新的杂交品种的保护，都进行了详尽的描述和剖析。由此我们可以看出，牡丹和芍药一定程度上他们自己是自己又同时密不可分。