由水厂输出的自来水虽符合国家标准,但仍含有某些无机物、有机物及微生物。水在管网内流动时,有些水中化合物会发生复杂的分解或化合作用,水和管内壁的材质亦会发生化学作用,水中残存的细菌还会再繁殖,特别是一些楼房房顶建有水箱。这些二次供水情况使水在管网或池子中停留时间加长,也会带入外界新的污染源,往往会造成供水细菌、藻类、固体杂质等严重超标。对于二次供水用户,经常发生水体混浊、有异味,严重的会导致痢疾等疾疒的爆发。2003年港台出现过因二次供水被SARS疒毒污染而引起非典在居民小区大面积爆发。所以对于管网过长,末稍余氯不达标,建有蓄水池加压泵站,以及楼顶水箱等二次供水水体进行二次消毒,保证水质微生物指标达标是非常重要的。