组织田间鉴定的种子管理机构，在确定了鉴定组成人员后，一般需要指定本单位2名以上工作人员，协助鉴定组开展工作。主要工作包括通知申请人或者当事人鉴定活动的时间并要求其按时到场；要求申请人或者当事人提供与该批种子有关的品种说明书、种子标签等各种证据；准备鉴定工作需要的各种工具；维护鉴定现场的秩序，等等。
  审定公告和商品种子的说明书在田间现场鉴定过程中具有很重要的作用，要尽量在鉴定工作开始前提供给专家组。
鉴定专家组的鉴定工作由组长负责。专家组可以向当事人了解有关情况，要求申请人提供与现场鉴定有关的材料，在此基础上，协商确定田间调查的取样方法、判定标准以及鉴定的具体内容等。
  可以根据实际情况，对鉴定组成员分工。
田间调查工作应当按照专家的分工进行。专家调查时，要保证对事物判断的独立性，不受干扰。田间取样要按照协商确定的方法进行，一般要随机取样，以确保鉴定结果的客观性。要注意观察普遍现象，并注意对造成这种现象的过程进行了解，还要注意田间的特殊现象，例如，同一小麦品种在同一地点有的地块发生冻害，有的则没有发生。
  调查清楚为什么会有这种情况，对于发现问题的根本原因至关重要。做好田间调查和观察情况的记录，以便于汇总分析。
要注意考虑搜集更多的证据，为鉴定工作提供帮助。《农作物种子质量纠纷田间现场鉴定办法》第十二条列举了应当考虑的情况：作物生长期间的气候环境状况；当事人对种子处理及田间管理情况；该批种子室内鉴定结果；同批次种子在其他地块生长情况；同品种其他批次种子生长情况；同类作物其他品种种子生长情况；鉴定地块地力水平；影响作物生长的其他因素。
  这些信息应当在鉴定过程中尽可能的加以搜集，并与田间调查结果加以比较。但有时有些信息已经没有或者失去意义，并不影响田间鉴定工作。
田间调查结束后，专家鉴定组对田间调查情况进行讨论、分析原因。专家鉴定组现场鉴定实行合议制度。在事实清楚、证据确凿的基础上，根据有关种子法规、标准，依据相关的专业知识，本着公正、公平、科学，求实的原则，及时作出鉴定结论。
  鉴定结论以专家鉴定组成员半数以上通过有效。专家鉴定组成员在鉴定结论上签名。专家组成员对鉴定结论的不同意见，应当予以注明。
撰写现场鉴定书。
鉴定结果异议处理。田间鉴定申请人对现场鉴定有异议的。应当在收到现场鉴定书15日内向原受理单位上一级种子管理机构提出再次鉴定申请，并说明理由。
  上级种子管理机构对原鉴定的依据、方法、过程等进行审查。认为有必要和可能重新鉴定的，应当按以上程序重新组织专家鉴定。根据《农作物种子质量纠纷田间现场鉴定办法》第十六条第二款的规定，再次鉴定申请只能提出一次。当事人双方共同提出鉴定申请的,再次鉴定申请由双方共同提出。
  当事人一方单独提出鉴定申请的，另一方当事人不得提出再次鉴定申请。
现场鉴定无效的判定。《农作物种子质量纠纷田间现场鉴定办法》第十七条规定了鉴定结果无效的三种情况：专家鉴定组组成不符合有关规定的；专家鉴定组成员收受当事人财物或者其他利益，弄虚作假；其他违反鉴定程序，可能影响现场鉴定客观、公正的。
  现场鉴定无效的，应当重新组织鉴定。
现场鉴定的终止。《农作物种子质量纠纷田间现场鉴定办法》第十一条规定了终止现场鉴定的情况：申请人不到场的；需鉴定的地块已不具备鉴定条件的；因人为因素使鉴定无法开展的。