诊断：在诊断思路和诊断程序上，对于有原因未明的吞咽疼痛、吞咽困难、胸骨后疼痛、恶心、呕吐、呕血症状的患者应考虑到食管炎症性病变和肿瘤的可能性。一般均应进行常规的食管X线检查和内镜检查(包括经内镜活检病理组织学检查)。如活检病理检查未提示食管癌或其他恶性肿瘤时，除应考虑其他食管炎外，尚应考虑食管克罗恩病。对于疑似病例，若能追查到食管外克罗恩病累及的其他部位，尤其是小肠、回肠末段、口腔、肛门病变时，这对食管克罗恩病的诊断是很有意义的旁证和依据。但由于病变好发于黏膜固有层或黏膜下层，所以经内镜活检难以达到深部组织，有实验室检查：外周血象呈轻、中度贫血；白细胞计数一般正常，病情活动特别是存在并发症时可升高；血小板计数明显升高，且与炎症活动程度相关。病变活动时血清第Ⅷ凝血因子升高，
食管克罗恩病血沉增快，C反应蛋白及其他急性时相性反应物如α1抗胰蛋白酶、α1抗糜蛋白酶、α2球蛋白、β2微球蛋白、A淀粉样蛋白等均可升高。新蝶呤是单核巨噬细胞受活化T淋巴细胞分泌的γ干扰素诱导后释放的物质，当细胞免疫改变时，尿新蝶呤增多，其水平与病情严重程度呈负相关。血清溶菌酶活力在CD及其他肉芽肿病变时均可升高。血清血管紧张素转换酶亦为肉芽肿病变的标志物，但在CD时其活力正常或降低。近年还发现，抗酿酒酵母抗体可能是CD的特异性标志物。
其他辅助检查：
1.放射学检查X线食管造影可见黏膜增厚、不规则，溃疡形成，呈卵石样外形；管腔狭窄，呈漏斗状或管状；也可见到瘘管。
2.内镜检查内镜下见到的最早期食管黏膜变化为多发性、境界清晰的隆起性小红斑，其周围黏膜正常。随病情进展，在上述病变基础上形成口疮样溃疡，单个或多个，大小不一，直径为0.1～1.5cm，邻近黏膜外观可完全正常。这种溃疡是内镜诊断CD的重要依据。如病情进一步发展，溃疡增大成线形，长约0.5～3.0cm、宽0.5～1.0cm、深0.1～0.5cm，边缘呈挖掘状；有些溃疡覆盖由坏死碎屑组成的膜。由于炎症侵犯黏膜下层，使其表面的黏膜层高低不平。还可见到黏膜架桥。内镜直视下在口疮样溃疡边缘活检，但因取得的标本较小，能检获肉芽肿的阳性率仍不足50%。因此，食管活检发现肉芽肿可作出CD诊断；如未发现，不能排除CD。
