首先，你说的12号申请从日本法律上讲应该是不行的。但是有时候也许执行的不那么严格，会做变通。不过这种选择坚决不推荐。出事情的可能性极大。
第二，大学一般是有相关负责人统一办理的，你最好跟学校确认一下他们哪天去办理相关事宜。
一送一取需要多少时间。自己去的话你可以要求他们尽快一些。如果你的手续和资料没问题，有时候入管办的还是比较快的。
第三，你如果要回国，再回来日本，那一定需要再入国许可。没有再入国许可的话，即使你有签证，在签证有效期间离开日本的话，也会被当作签证失效，不会允许再次入境。
所以，在申请新签证的时候，需要要求同时申请再入国许可。要不可能你欢乐新签证也没用。
第四，自己办理的话，需要去管理你所在地区的入管局或者入管局的出张所。这个你可以通过日文雅虎查找日文“入管局”查到。相关所需资料，一部分在入管局网站上有下载，一部分关于你自己的情况证明，需要你自己准备，比如在学证明、收入证明、存款情况、奖学金情况等等。
具体的你可以查阅入管局网站，或者直接给入管局打电话咨询。
答：到日本国驻华大使馆详情>>
