几乎所有种类的河豚都含河豚毒素（TTX），毒素主要存在于河豚的性腺、肝脏、脾脏、眼睛、皮肤、血液等部位，卵巢和肝脏有剧毒，其次为肾脏、血液、眼睛、鳃和皮肤，精巢和肉多为弱毒或无毒。在熟制河豚时，一定要严格细心地除去河豚的内脏、眼睛，剔去鱼腮，剥去鱼皮，去净筋血，用清水反复洗净。河豚鱼肉质特别细嫩，味美，营养丰富。它的药用价植很高，从其肝脏、卵巢的毒素中，可提练出河豚素、河豚酸、河豚巢素等名贵药材。
河豚毒素比较稳定，不易用盐腌、日晒、一般加热烧煮等方法消除。渔民们加工处理前先去除内脏、皮、头等含毒部位，洗净血污，或长时间烹煮、或腌制食用。如果一个环节操作不细致，毒素会很快发作，且一般无法抢救。
在中国，为了保障人们的生命安全，国家明文规定不准饭店供应河豚鱼。而在日本吃河豚则有着悠久的历史，几乎成为其食文化重要的一部分。河豚鱼加工是十分严格的，一名合格的河豚厨师至少要接受两年的严格培训，考试合格以后才能领取执照开张营业。每条河豚的加工去毒需要经过30道工序，一个熟练厨师也要花20分钟才能完成。河豚一般是养在池里的，吃之前用网兜将河豚网出来，用小刀割去鱼鳍，切除鱼嘴，挖除鱼眼，剥去鱼皮，接着剖开鱼肚取出鱼肠、肝脏、卵巢和肾等含剧毒的内脏，再把河豚的肉一小块一小块的放进清水中将上面的毒汁漂洗干净。洗净后的鱼块洁白如玉，晶莹剔透。接着，将其切成像纸一样薄的片，再将这些鱼片摆成菊花或仙鹤一样的图样。吃的时候夹起鱼片蘸着碟子里的酱油和辣椒放进嘴里慢慢地咀嚼。吃完鱼片后，再喝上一碗河豚鱼汤，真是爽心可口。
对河豚鱼中毒患者尚无特效的解救药物。
