由于该类中毒损害身体各种器官，治疗上必须全面考虑。主要治疗方法是： 真菌中毒1。尽快尽早洗胃、洗肠并服泻剂，洗胃可用1∶2000---5000高锰酸钾溶液（若病人已发生呕血、便血，则洗胃、洗肠都应特别小心）。2。服生大蒜50克。3。补液，防止脱水、酸中毒，但要注意心、肾功能。
4。狂躁、惊厥、抽搐均属重症，应给甘露醇等脱水剂及镇静剂，对于霉变甘蔗中毒，更应及早应用脱水剂治疗脑水肿，加强脑血液循环，对促进病症恢复和预防后遗症均有良好功效。用高压氧以提高霉变甘蔗中毒患儿的血氧含量，治疗重症脑水肿，效果甚好。一般用2。5绝对压，面罩吸纯氧40分钟，每日1次，10次为一疗程。
5。对症治疗，如强心、止血、保护肝、肾等均应注意实施。6。对食入未经杀死真菌的食物应给予抗真菌药物。7。应用抗生素预防感染。8。加强护理，维持营养。 食用的粮食、食品常被真菌甚至真菌毒素污染，因此，必须加强粮食作物的防霉除毒措施，改良食品的保管条件和方法，改变吃霉变食物，包括腌菜、酸菜等习惯。
提倡多吃新鲜疏菜。在各种预防措施中，最关键的是防霉与除毒，防霉尤为重要。 （一）防霉粮食中真菌生长繁殖的有利条件主要是适宜的温度与水分。如能将粮食贮存于10℃以下，水分保持在10％以下，就能有效地防霉。环氧乙烷防霉的效果较好，用100--200g/m2封闭数日后，可使米粒的霉菌减少90％以上，并可维持4个月之久。
开封第5日即测不出残留药物量。环氧乙烷对人体有毒，故使用时应注意安全。 （二）除毒黄曲霉在生长繁殖过程中可渗透至种子内部各层及胚部，毒素含量以中心层最高，故不能用清洗种子表面的办法来达到去毒的目的。以花生仁为例，可用手挑法，拣出霉、皱、变色的花生仁而达到去毒的目的。
黄曲霉毒素对热很稳定，一般烹、煮、烘、焙等方法仅能破坏少量毒素，紫外线照射也不能破坏食物中的毒素。物理方法中以高温处理破坏毒素较多，但仍不能完全破坏；如油炸或砂炒花生仁，温度达205℃以上时，黄曲霉毒素B1仅减少65％--69％。化学除毒方法以氧化法和加碱法较为有效，氧化法中有加Cl2、ClO2、SO2、SO3、NO3或5％次氯酸钠（NaOCl）等。
以5％NaOCl处理时，黄曲霉毒素于数秒钟内即被破坏，故是常用的消毒剂。加碱法有加NaOH、NH3、甲基氨等，市场供食用花生油，均经加碱处理而去毒。也有应用生物学方法解毒的报道，如黄杆菌可将花生、玉米、奶油、饮料等食品中的黄曲霉毒素全部破坏，并经生物鉴定证实有效。
生物学方法成本低，收效大，可能是一种有前途的除毒措施。 （三）防护烧伤病室、真菌实验室，以及从事真菌毒素科研的人员，必须注意防护，如穿戴隔离衣帽，在进行真菌分离培养工作时，应戴口罩，并尽量防止孢子飞扬。操作台面如有漏溅，应立即用新配的5％次氯酸钠消毒。
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