根据发病鹅临床上无特征性症状，仅表现为呼吸困难，可以怀疑。病理剖检见到肺脏、气管、气囊上有霉菌性结节，并伴发肺炎，可以做出初步诊断。而进一步的确诊需要取结节病灶做压片，镜检发现菌丝体和孢子，也可取霉菌结节进行分离培养。黄曲霉菌毒素中毒病是由黄曲霉菌毒素引起的一种霉菌中毒病，也属于霉菌性疾病，但该病具有中毒性疾病的明显特点，以肝脏受到严重损害为主要特征。
具体区分这两种病，可以简单地从症状和病变特点上来分析。鹅在发生曲霉菌病时，呼吸道症状十分明显，具有特征性；而黄曲霉菌毒素中毒病例较少见到。鹅在黄曲霉菌毒素中毒时，体表皮肤因皮下出血而呈现紫红色甚至酱紫色；而曲霉菌病病例则没有。曲霉菌病的剖检病变主要集中在胸腔内的肺脏、气囊部位；而黄曲霉菌毒素中毒病的特征性病变在肝胆系统，急性病例中毒时肝脏肿大、出血、色淡，胆囊可极度扩张，肾脏有出血、肿大，胰腺有出血点。
慢性中毒时肝脏硬化明显，可见白色、点状或结节状的增生病灶，甚至出现肝癌结节。
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