由于生物消毒的过程缓慢，消毒可靠性比较差，对细菌芽孢也 没有杀灭作用，因此生物消毒技术不能达到彻底无害化。有关生物 消毒的应用，有些在动物排泄物与污染物的消毒处理、自然水处理、 污水污泥净化中广泛应用；有些在农牧业防控疾病等方面进行了实 验性应用。
  1。生物热发酵堆肥堆肥法是在人为控制堆肥因素的条件下，根据各种堆肥原料的 营养成分和堆肥工程中微生物对混合堆肥中碳氧化、碳磷比、颗粒 大小、水分含量和pH值等的要求，将计划中的各种堆肥材料按一 定比例混合堆积，在合适的水分、通气条件下，使微生物繁殖并降 解有机质，从而产生高温，杀死其中的病原菌及杂草种子，使有机 物达到稳定，最终形成良好的有机复合肥=目前常用的堆肥技术有很多种，分类也很复杂。
  按照有无发酵 装置可分为无发酵仓堆肥系统和发酵仓堆肥系统。(1 )无发酵仓系统主要有条垛式堆肥和通气静态垛系统。条操式堆肥是将原料简单堆积成窄长垛型，在好氧条件下进行 分解，垛的断面常常是梯形、不规则四边形或三角形。条垛式堆肥 的特点是通过定期翻堆来实现堆体中的有氧状态，使用机械或人工 进行翻堆的方式进行通风。
  条垛式堆肥的优点是所需设备简单，投 资成本较低，堆肥容易干燥，条躲式堆肥产品腐熟度高，稳定性好。 缺点是占地面积大，腐熟周期长，需要大量的翻堆机械和人力。与条垛式堆肥相比，通气静态垛系统是通过风机和埋在地下的风管道进行强制通风供氧的系统。它能更有效地确保达到高温， 杀死病原微生物和寄生虫（卵）。
  该系统的优点是设备投资低，能 更好地控制温度和通气情况，堆肥时间较短，一般2~3周。缺点 是由于在露天进行，容易受气候条件的影响。(2 )发酵仓系统是使物料在部分或全部封闭的容器内，控制 通风和水分条件，使物料进行生物降解和转化。该系统的优点是堆 肥系统不受气候条件的影响；能够对废气进行统一的收集处理，防 止环境二次污染，而且占地面积小，空间限制少；能得到高质量的 堆肥产品。
  缺点是由于堆肥时间短，产品会有潜在的不稳定性。而 且还需高额的投资，包括堆肥设备的投资、运行费用及维护费用。2。沼气发酵沼气发酵又称厌氧消化，是在厌氧环境中微生物分解有机物最 终生产沼气的过程，其产品是沼气和发酵残留物（有机肥)。沼气 发酵是生物质能转化最重要的技术之一，它不仅能有效处理有机废 物，降低生物耗氧量，还具有杀灭致病菌、减少蚊蝇滋生的功能。
   此外，沼气发酵作为废物处理的手段，不仅能节省能耗，而且还能 生产优质的沼气和高效有机肥。