由于临床上常缺乏确凿一致的病因、病理诊断根据，故诊断急性链球菌感染后肾炎时 需小心排除以下疾病：
(1) 以急性肾炎综合征起病的肾小球疾病：
1) 其他病原感染后急性肾炎:成年人感染后急性肾炎的致病菌常是葡萄球菌或革兰阴 性细菌，而不是链球菌，而且常发生于糖尿病、酗酒及静脉吸毒者。金黄色葡萄球菌感染后 肾炎可见于皮肤感染、组织深部脓肿及心内膜炎。可由感染细菌与抗体引起免疫复合物介 导性肾小球肾炎。临床上呈急性肾炎综合征表现，也可见循环免疫复合物阳性、冷球蛋白 血症及低补体血症。病理改变类似链球菌感染后肾炎呈弥漫性增生及渗出性肾小球炎症。 此外，革兰阴性菌败血症、葡萄球菌败血症、梅毒、伤寒等也可引起急性肾炎综合征的表现。 病毒[水痘病毒、乙型肝炎病毒（HBV)、腮腺炎病毒、EB病毒、柯萨奇病毒及某些正黏病毒 科]急性感染期亦可引起急性肾炎。临床过程较轻，常不伴血补体下降，有自限倾向。
2) 其他原发性肾小球肾炎:在起病时或病程的某个阶段可呈急性肾炎综合征表现。
① IgA肾病及非IgA系膜增生性肾小球肾炎:常于呼吸道感染后发生血尿，有时伴蛋白 尿，但前驱感染不是链球菌感染(链球菌培养阴性，ASO滴度不升高），潜伏期短（数小时至 数日）血补体正常，约30% IgA肾病患者血IgA可升高，病程呈反复发作。
② 新月体性肾小球肾炎Ⅱ型(免疫复合物型）：发病过程与本病很相似，但患者呈进行 性少尿、无尿及急骤发展的急性肾衰竭，需及时行肾活体组织检查以与本病鉴别。
③ 系膜毛细血管性肾炎:起病过程与急性肾炎很相似，也可有呼吸道前驱感染甚至链 球菌感染史，约40%患者呈典型急性肾炎综合征表现并伴低补体血症，甚至血清ASO滴度 亦可上升，临床过程很难鉴别。系膜毛细血管性肾炎无自愈倾向，故诊断为急性肾炎者，如 病程超过2个月仍无减轻者应考虑行肾活体组织检查明确病理以助诊治。
3) 全身系统性疾病的肾受累:系统性红斑狼疮肾炎及过敏性紫癜性肾炎
均可呈急性肾 炎综合征的临床表现。其他少见的全身性疾病，如各种小血管炎性疾病、冷球蛋白血症、各 种原因的血栓性微血管病等，亦可呈急性肾炎综合征起病，但多伴有其他系统受累的表现。
(2) 急性全身感染性发热疾病:高热时均可出现一过性蛋白尿及镜下血尿，可能与肾血 流量增加、肾小球通透性增加及肾小管上皮细胞肿胀有关。尿检异常发生于感染、高热的 极期;随着退热，尿检恢复正常。不伴水肿、高血压等肾疾病的临床表现。
(3) 急性泌尿系统感染或急性肾盂肾炎:急性肾炎时可有腰痛，少尿及尿中红细胞较 多，亦有排尿不适感，尿中白细胞亦可较多，需与泌尿系统感染相鉴别。泌尿系统感染多有 全身及局部感染的表现，如发热、尿路刺激症状、尿中大量白细胞甚至白细胞管型、尿细菌 培养阳性。经抗感染治疗后的疗效亦有助于鉴别。
（4）非肾小球疾病:如急性过敏性间质性肾炎、溶血尿毒症综合征（HUS)、血栓性血小 板减少性紫癜(TTP)等非肾小球疾病也可出现与急性肾炎类似的临床表现。此外，急性肾炎 合并症(如心力衰竭、高血压、脑病等)严重而表现突出时，常掩盖肾炎综合征的临床表现。
