有人说，用农家有机肥和不施用化肥的植物产品都是绿色食品。严格地说，无论是否是用农家有机肥和不施用化肥的植物产品，只有那些经专门机构认定，许可使用绿色食品标志商标的食品才是绿色食品。而且，生产绿色食品也是可以施用肥料的，在绿色食品生产中常用的肥料有：有机肥：主要指农家肥，含有大量动植物残体、排泄物、生物废物等。
  施用有机肥料不仅能为农作物提供全面的营养，而且肥效期长，可增加或更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产主要养分的来源。常见的有机肥主要有：堆肥、绿肥、秸秆、饼肥、泥肥、沤肥、厩肥、沼肥等。微生物肥料：指用特定微生物菌种培养生产的具有活性微生物的制剂。
  微生物肥料无毒无害、无污染，通过特定微生物的生命活力能增加植物的营养和植物生长激素，促进植物生长。根据微生物肥料对改善植物营养元素的不同作用，可分为以下类别：根瘤菌肥料。它能在豆科植物根上形成根瘤，改善豆科植物氮素营养。种类有花生、大豆、绿豆等根瘤菌剂。
  固氮菌肥料。它能在土壤中和许多作物的根际固定空气中的氮，为作物提供氮素营养，还能分泌激素刺激作物生长。种类有自生固氮菌、联合固氮菌等。磷细菌肥料。它能把土壤中难溶性磷转化为作物可以使用的有效磷，改善作物磷素营养。种类有磷细菌、解磷真菌等。硅酸盐细菌肥料。
  它能对土壤中的云母、长石等含钾铝硅酸盐及磷灰石进行分解，释放出钾、磷等，可以改善植物的营养条件。种类有硅酸盐细菌、解钾微生物等。复合菌肥料。含有上述两种以上有益的微生物，它们之间互不抵抗且能提高作物的一种或几种营养元素的供应水平，并含有生理活性物质。
  腐殖类肥料：指泥炭、褐煤、风化煤等含有腐殖酸类物质的肥料。它能促进作物的生长发育，使作物提早成熟、增加产量、改善品质。半有机肥料：指由有机物和无机物混合或化合制成的肥料。主要包括经无害化处理后的畜禽粪便加入适量的锌、锰、硼、铝等微量元素制成的肥料和以发酵工业废液干燥物质为原料、配合种植蘑菇或养禽用的废弃混合物制成的发酵废液制成的干燥复合肥料。
  无机肥料：包括矿物钾肥和硫酸钾、矿物磷肥、煅烧磷酸盐、石灰石等。该种肥料限在酸性土壤中使用。叶面肥料：喷施于植物叶片并能被其吸收利用的肥料，可含有少量天然的植物生长调节剂，但不含有化学合成的植物生长调节剂，如微量元素肥料和植物生长辅助肥料，由微生物配加腐殖酸、藻酸、氨基酸、维生素、糖及其他元素制成。
  其他肥料：不含合成添加剂的食品、纺织工业的有机副产品等。比如锯末、刨花、木材废弃物等组成的肥料；不含防腐剂的鱼渣、牛羊毛废料、骨粉、氨基酸残渣、家禽家畜加工废料、糖厂废料等有机物料制成的肥料。