4000多万年后的泥盆纪后期，地球再次发生了一次灾难性的生物大灭绝。这次生物大灭绝是地球上第二次生物大灭绝，因为出现于泥 盆纪晚期，所以，人们又称之为泥盆纪生物大灭绝。这次生物大灭绝的原因和第一次生物大灭绝的原因一样，同样是因为全球气候急剧变冷、海水急剧降低的原因所造成的。在这次大灭绝中，占当时地球生 物界主导地位的原始鱼类，作为生存在水中的脊椎动物遭到了毁灭性的打击。虽然这次大灭绝导致了包括甲胄鱼在内的很多脊椎动物消失 在地球上，但是这次生物大灭绝却导致了水中脊椎动物鱼类为了生存，开始进化成为初级两柄动物。
