1)子宫内膜种植学说：Sampson最早提出。月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流，经输卵管进入腹腔，种植于卵巢和邻近的盆腔腹膜，并继发生长和蔓延，发展成子宫内膜异位症。有生殖道畸形或梗阻的妇女，常并发子宫内膜异位症，说明经血逆流。可致子宫内膜种植重复的或过于粗暴的妇科双合诊，将子宫内膜挤入输卵管引起腹腔种植输卵管通畅试验(通气通液)及造影的操作规程不规范，将内膜碎片经输卵管压入腹腔，引起腹腔种植，腹壁刀口子宫内膜异位或分娩后会阴伤口出现子宫内膜异位症，是手术者将子宫内膜带至切口造成医源性种植剖腹产及剖宫取胎术中，宫腔内容溢入腹腔，在缝合子宫切口时缝线穿过子宫内膜层等引起的内膜种植。
2)淋巴及静脉播散学说：在盆腔静脉或淋巴结中，发现子宫内膜组织存在支持该论点并认为远离盆腔部位的器官，如肺、手、大腿的皮肤和肌肉发生的子宫内膜异位，可能是淋巴或静脉播散的结果。
3)体腔上皮化生学说：女性生殖系统上皮、卵巢生殖上皮，及盆腔腹膜、胸膜，均起源于体腔上皮，当受到炎症创伤雌激素过高等因素的影响时，或体腔上皮反复受经血激素或慢性炎症的刺激，可以化生为子宫内膜样组织，形成子宫内膜异位症。80%的子宫内膜异位症发生在卵巢，与卵巢生发上皮的化生潜能有关，但目前很多学者认为腹膜刺激合并子宫内膜异位症是果而不是因，而且腹膜刺激都发生在异位灶以外的部位。
