新农合报销比例与就诊机构有关，就诊机构级别越高报销比例越低。
一般新农合三甲医院报销的比例在65%左右，不过，还需以当地医保报销政策与就诊机构的报销政策为准。
参加新农合的都是农村户口，在三甲医院就医属于异地就医，需要本地就医机构开具转院证明，并经过新农合办审核，否则不予报销。
3甲医院新农合报销比例
各地的医保政策不一样，报销的比例也有差别。我们这里规定，新农合参保病人在各级医院门诊看病报销的比例都一样，都是起付线100元，然后按50%报销，最多报200元。在三甲医院住院治疗，起付线900元，然后按60％比例报销，从参保第二年开始，连续参保每增加一年，报销比例增加1%，最多不超过10%。封顶最多报20万元。
3甲医院新农合报销比例
农合在三甲医院的报销比例如下：
一、门诊报销比例
1、村卫生室、卫生所报销比例60%
2、镇卫生院报销比例40%
3、二级医院搏小比例30%
4、三级医院报销比例20%
5、镇级合作医疗门诊报销限额5000元/年。
二、住院报销比例
1、新脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等辅助检查项目限额报销200元
2、手术费起付线1000元内按照国家标准报销，超过1000元按照1000元报销
3、60岁以上老年人住院治疗费及护理费每天可报销10元，限额200元
4、各级医院报销比例为：镇卫生院报销60%二级医院报销40%三级医院报销30%。
三、大病报销比例
1、门诊统筹乡、村补助比例分别提高到65%、75%
2、级医疗机构住院费用在400元以下者，不设起付线
3、二级医疗机构补助比例提高到75%到80%
4、三级医疗机构补助比例提高到55%到60%
5、省三级医疗机构补助比例提高到55%
6、儿童先心病等8种大病新农合补助病种定额的70%，肺癌等12种大病，新农合补助病种定额力争达到70%。
《中华人民共和国社会保险法》第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。