在巫蛊之祸的上半场，皇后卫子夫和太子刘据都自杀之后，参与进军长安和抓捕太子刘据的人都获得了封赏，有五个人被封了侯爵，但在汉武帝去世之前，他们全都死了。公元前90年三月，就在刘据自杀7个月之后，汉武帝发动了最后一次对匈奴的大规模攻势，这次出征的有三个将军，分别是李广利、商丘成和马通，其中商丘成和马通因为参与进攻太子而被封了侯。就在他们出征的时候，有一个叫郭穰的宦官向汉武帝举报，说丞相刘屈鼇夫妻俩经常用巫术诅咒皇帝，而且他们还和李广利一起举行祭祀，想让昌邑王刘成为皇帝。
一、参与巫蛊之祸的人几乎都死了
最后，司法部门追查的结果是不仅郭穰的举报确有其事，而且就在三月份李广利出发的时候，李广利还在渭河桥上对刘屈鼇说过，希望刘屈鼇尽快请求汉武帝立昌邑王刘为太子，李广利就是刘餺的亲舅舅，刘屈鼇和李广利是儿女亲家。然后在这一年的六月，刘屈嫠两口子就被处死了，李广利留在长安的家人也受到牵连，被关进了监狱。后来李广利投降了匈奴，他的家人也被族诛。
从这一年开始，巫蛊之祸上半场被封侯的五个人，因为各种原因或者被处死或者自杀，到汉武帝去世之前都死光了，包括昌邑王刘髆和汉昭帝的母亲钩弋夫人也死了。而且陪同江充搜查太子宫的宦官苏文在处死刘屈鼇的同一年，也被烧死在渭河桥，已经死了的江充也被夷三族。
二、关于巫蛊之祸的起因，最有可能的两种说法
从这些人的结局出发，从古至今，巫蛊之祸被开发出了无数个版本的阴谋论，其中有两个说法影响最大，第一种说法是“巫蛊之祸是汉武帝的计划”。汉武帝为了保证自己喜欢的小儿子刘弗陵即位，所以就利用巫蛊事件，把太子和卫氏家族以及昌邑王刘髆全部赶尽杀绝。
汉武帝活到成年的儿子有六个，分别是太子刘据，齐王刘闳，昌邑王刘髆，燕王刘旦和广陵王刘胥，最小的是刘弗陵。到巫蛊之祸发生的公元前91年，齐王刘闳已经死了，刘博在今天的山东菏泽做昌邑王，刘旦在今天的北京做燕王，刘胥在今天的扬州做广陵王。到巫蛊之祸爆发，在汉武帝身边的除了已经37岁而且做了30年太子的刘据，就只有3岁的刘弗陵。
刘据是汉武帝29岁的时候才有的第一个儿子，七岁就被立为太子，从小就让他学习《公羊传》和《谷梁传》，成年之后，汉武帝让他自由地培养自己的势力，外出巡幸时，也都让刘据监国处理政务。后来卫子夫年老色衰，汉武帝开始宠幸其他人，也陆续有了更多的儿子。《资治通鉴》里说，汉武帝觉得刘据个性比较软弱，不像自己，所以两人关系不太好，不过翻遍《汉书》，也找不到他们父子关系产生裂痕的记录，一直到巫蛊之祸爆发，刘据仍然有监国的权利。
对于李夫人所生的昌邑王刘髆，不管是《汉书》还是《资治通鉴》，都找不到汉武帝对他的态度，燕王刘旦和广陵王刘胥，《汉书》明确记录他们兄弟俩因为犯法不受汉武帝的喜欢，最小的刘弗陵据说是钩弋夫人怀孕14个月所生，到巫蛊之祸爆发的时候才3岁。后来太子刘据、昌邑王刘髆先后死去，汉武帝才经常对别入说“刘弗陵像自己”。
关于巫蛊之祸真相的第二种说法是“螳螂捕蝉，黄雀在后”，汉武帝为了给太子刘据解除外戚的威胁，就利用巫蛊事件打压卫氏家族，昌邑王集团就趁机先利用江充攻击太子刘据，逼迫刘据发动政变，然后利用国家的力量除掉太子集团，钩弋夫人再通过宦官势力，引导汉武帝除掉昌邑王集团，然后让自己的儿子刘弗陵成为太子。事后汉武帝察觉了整个阴谋，所以相关人等都被处死。
巫蛊之祸除了上面所说的两种阴谋论，其实还有很多疑点，但不管是《汉书》还是《资治通鉴》都是说江充诋毁太子，并没有说是江充在太子宫埋了人偶。太子刘据死了以后，丞相田千秋亲自主持了对巫蛊的发掘工作，在兰台也挖出了人偶，兰台是朝廷存放档案和图书的地方。有一种说法是太史公司马迁就是因此被杀的。那太子宫的人偶到底是谁埋的?是江充?是太子？还是第三方势力？巫蛊之祸的真相到底是什么，这些疑问到今天已经没有办法完全说清楚了。对于这些历史没有给出明确答案的问题，大家都可以有自己的分析和理解。
其实汉代巫蛊之祸也好，唐代玄武门之变也罢，这些纷繁复杂的政治事件，他们的矛盾起源反而是相对简单的，这就是政治的宫廷化。从一万年前算起，人类的发展历史总的来说是族群的数量越来越少，单个族群的规模越来越大，从部落到民族，再从民族到国家，人的力量越来越集中，为了对庞大的群体进行管理，人类创造了各种规则和制度。为了维护规则和制度，又设立了各种各样的组织和机构，那谁又来协调这些组织和机构呢？为此，人类又创造了一个超越一切组织和机构的最高仲裁者，这就是皇帝。
结束语
皇帝是人们为了国家专门设置的一个系统，人们通过这个系统来组织和调节一个国家的运作，并通过这个系统进行利益的分配。因此各种各样的势力、各种各样的人都想通过对皇帝施加影响，来间接地获取对国家的控制，获取各种各样的权利和利益，而最方便的做法就是在皇帝的身边寻找利益代言人。如果这个代言人将来也能成为皇帝，那就更好了。在皇权体制下，最高权力的更替只能在有血缘关系的亲属间进行，所谓兄终弟及，父子相传。
在这样的情况下，国家各种利益群体之间的冲突，一般都会表现为皇室成员之间的个人矛盾，当这样的矛盾变得无法调和，当皇室成员的个人野心和背后利益集团的政治诉求充分叠加，一幕幕萧墙祸起的宫闱惨变，就要开始上演了。父子相残也好，兄弟相杀也罢，他们首先是各自集团的带头大哥，然后才是别人的父亲、儿子或者兄弟。所以在我们翻阅历史的时候，无论什么朝代，总能看到宫廷里的各种算计和尔虞我诈。其实宫廷本身就是一个政治场所，本来就是各种势力进行斗争、交换和妥协的地方，尔虞我诈只是它的正常表现。