乔司南站和其他站的结构都不同，它位于地面高架站上，地铁列车从客运中心站地下驶出后，就进入了地面高架，这高架离地面最高有14.3米。
高架站的设置也是有讲究的。设计最初根据考察和规划，在余杭段的这3个站建设地下站点不太合适，所以才设计成了高架站。
高架之上，噪音不再，阳光作伴
乘客在高架站上可以享受阳光以及轨道，但是无法看到车窗外的风景，因为高架站上设置了噪音屏蔽墙。
周边一公里，暂时冷清
乔司南站一共有A和B两个出入口，进入站房后可乘坐电梯到三楼高架站台上乘坐地铁。目前，周边一公里范围内以农居点和小工厂为主，没有商业项目，配套稀少。
根据规划，该站点附近将建一个大型物业综合体，面积达11万平方米，定位为住宅、写字楼、商业、酒店。
和乔司南站结构一样的站还有：乔司站(位于01省道中央隔离带内，共和路南侧)，翁梅站(海王路北侧)
二层中转，三层上车
高架站也是三层结构，但不同的是，二层基本起一个中转作用。
地面一层供大家进站，二层是换乘的一层(因为高架站的轨道位于站厅的中间位置，无论从哪一侧下车，都需要走上二层，到达对面，再上三层换乘车)。最上面一层是站厅，买票，进站，上车的一层。
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