1、包子品质
自动包子机制作出来的包子，往往无法与手工制作的包子相媲美。首先，自动包子机的制作过程是机械化的，无法像人工那样根据面团的特性进行调整，导致制作出来的包子口感较为单一。其次，自动包子机在包子的馅料搭配上也存在问题，无法根据消费者的需求进行个性化的选择，使得包子的口味受限。
另外，自动包子机的速度较快，一小时能够制作出大量的包子，但是这种高速制作过程往往会影响到包子的发酵时间。面团没有足够的时间进行充分的发酵，导致包子的口感不够松软，并且容易产生一些不消化的物质。
2、卫生问题
自动包子机的自动化程度较高，但是清洁却是一个相对复杂的问题。由于设备内部存在复杂的构造和管道系统，清洗起来非常麻烦，容易滋生细菌或残留食物。
另外，由于自动包子机的操作都是由机械完成的，而机械不具备人的思考能力，无法判断食材的新鲜程度。这就导致了在使用过期食材或者变质食材时，自动包子机也会正常运行，使得制作出来的包子带有一定的食品安全隐患。
此外，自动包子机在生产过程中，大量使用了添加剂和调味料。这些添加剂和调味料可能会对消费者的健康产生一定影响，尤其是那些对食品添加剂过敏或有特殊要求的人群。
3、失去人情味
自动包子机的出现使得包子的制作过程完全机械化，减少了传统手工制作包子的乐趣和人情味。包子的制作从原本需要一家人围坐在一起亲手完成，变成了冷冰冰的机器操作。这种机械化生产过程使得包子失去了家庭制作的温暖氛围，让消费者在品尝包子时缺少了一份亲切感。
另外，自动包子机的出现也降低了包子的人工制作技术传承。以前手工制作包子是一门手艺，由父辈传给子辈。而现在，自动包子机的出现让人们对包子制作的技术要求降低，导致该传统技艺可能会逐渐失传。
4、就业岗位减少
随着自动包子机的普及和使用，传统包子店的就业需求逐渐减少，一些包子师傅可能会面临失业的风险。自动包子机的出现虽然增加了包子的产量，提高了生产效率，但却不断削弱了人类在食品制作领域的就业机会。
此外，自动包子机的操作相对简单，只需要一个或几个人即可完成，不再需要大量的人力投入。这使得包子店的员工数量逐渐减少，进一步加剧了就业岗位的减少。