南京大学与南京理工大学都是国内顶尖的两所大学，在2019年最新一轮的全国高校排名中，南京大学排第8名，南京理工大学排第50名。总的来说，两校有以下区别：
1.学校类型不同南京大学属于综合类，南京理工大学属于理工类。南京大学的院系设置更为全面包含33个院系；南京理工大学更偏向于理工类专业，共有20个院系。南京大学设有86个本科专业，南京理工大学设有38个本科专业。
2.主管部门不同南京大学主管部门为中华人民共和国教育部，是中央直管副部级建制；南京理工大学主管部门为中华人民共和国工业和信息化部。
3.学校属性不同南京大学是全国重点大学、985工程、211工程、双一流（世界一流大学A类建设高校）院校；南京理工大学是全国重点大学、211工程、985平台、世界一流学科建设高校。相比之下南京大学更为拔尖。
4.办学层次不同南京大学的办学层次为：世界知名高水平大学（前列）；南京理工大学办学层次为：中国一流大学（特色）。
5.重点学科不同南京大学有世界一流学科建设学科15个，国家重点学科一级学科8个，二级学科13个；南京理工大学有世界一流学科建设学科1个，国家重点学科一级学科2个，二级学科7个。
6.建校历史不同南京大学可追溯自孙吴永安元年（258年）的南京太学，近代校史肇始于1902年创建的三江师范学堂，1949年由民国时期中国最高学府“国立中央大学”易名“国立南京大学”，1950年径称“南京大学”并沿用至今。南京理工大学创建于1953年，前身是中国人民解放军军事工程学院（“哈军工”）炮兵工程系。
7.学校简称、学校代码、地理位置不同南京大学简称南大，学校代码为10284，校址位于南京市鼓楼区汉口路22号；南京理工大学简称南理工，学校代码为10288，校址位于南京市玄武区孝陵卫街道孝陵卫街200号。
无论如何，小编认为这两所学校都是国内很好的大学，虽然南京大学比南京理工大学各方面都强不少，但南京理工大学同样培养出了不少类似于任新民、李鸿志、崔向群、张国清等国家两院和科技人才。