1、分辨率不同电子显微镜的分辨率比光学显微镜高。电子显微镜的分辨率达到了纳米级别，是0.2nm，而光学显微镜只有0.2μm，也就是电镜在这方面是光镜的1000倍。
2、部件不同电子显微镜有三部分，分别是镜筒、真空装置和电源柜。而光学显微镜主要由四个部件组成，分别是物镜、目镜、反光镜和聚光器。
3、原理不同电子显微镜是用电子束来穿透样本，然后再由透镜放大成像。而光学显微镜主要是利用凸透镜的放大成像原理来放大样本的像的。电子显微镜由于分辨率高，因此可以用来观察普通显微镜所不能分辨的细微物质结构，还能用来帮助做物质成分的分析。光学显微镜主要用于生物、医药方面对微观物质的观察，以及作为教学当中学生的的实验用具。
光学成像和电子成像区别
好象是光感化学成像和电子成像，前者是通过感应光线的强弱在感光胶片上因光线的强弱产生化学反应，而后者与前者的区别就是感光材料的不同，前者是化学，而后者是感光电子元件.
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