卫星钟误差是指卫星钟的钟差包括由钟差、频偏、频漂等产生的误差，也包含钟的随机误差。在GPS测量中，无论是码相位观测或载波相位观测，均要求卫星钟和接收机钟保持严格同步。尽管GPS卫星均设有高精度的原子钟(铷钟和铯钟)，但与理想的GPS时之间仍存在着偏差或漂移。这些偏差的总量均在1ms 以内，由此引起的等效距离误差约可达300km。
例如，GPS 卫星时钟导致了两个不同的概念。卫星时钟偏差和卫星时钟误差。星钟偏差是每一颗GPS 卫星的时钟相对于GPS 时间系统的差值。GPS 卫星导航电文提供计算时钟偏差的系数，不能真实代表GPS 导航定位测量时的时钟多项式系数，而1ns 时间误差相当于30cm 的距离误差，因此，星钟误差，是时钟偏差的系数代表性误差的综合影响。
总体说来，消除和削弱卫星导航系统误差有以下几种方法：建立误差的改正模型求差法参数法回避法。
（1）建立误差的改正模型
原理：利用模型计算出误差影响的大小，直接对观测值进行修正。
适用情况：对误差的特性、机制及产生原因有较深刻了解，能建立理论或经验公式。
所针对的误差源
– 相对论效应
– 电离层延迟
– 对流层延迟
– 卫星钟差
限制：有些误差难以模型化。
改正后的观测值=原始观测值+模型改正
（2）求差法
原理：通过观测值间一定方式的相互求差，消去或消弱求差观测值中所包含的相同或相似的误差影响。
适用情况：误差具有较强的空间、时间或其它类型的相关性。
所针对的误差源
– 对流层延迟
– 卫星轨道误差
限制：空间相关性将随着测站间距离的增加而减弱。
（3）参数法
原理：采用参数估计的方法，将系统性偏差求定出来。
适用情况：几乎适用于任何的情况。
限制：不能同时将所有影响均作为参数来估计。
（4）回避法
原理：选择合适的观测地点，避开易产生误差的环境采用特殊的观测方法采用特殊的硬件设备，消除或减弱误差的影响。
适用情况：对误差产生的条件及原因有所了解具有特殊的设备。
所针对的误差源
– 电磁波干扰
– 多路径效应
限制：无法完全避免误差的影响，具有一定的盲目性。