旧石器时代
关于日本列岛上被确认过的人类历史，大约可追溯到10万年乃至3万年前。约3万4千年前，从华北地区传来被称呼为小刀型石器的石器，在列岛全区被广泛的使用，但在约2万年前由西伯利亚过来新的称呼为细石刀片的石器主要在东日本传开。
一段时间里，东日本细石刀片文化与西日本的小刀型石器文化并存，不久细石刀片也在西日本传开，约1万5千年前左右，小刀型石器的踪影急速消失。 约1万2千年前左右，因末次冰期结束而开始急剧温暖化，使得人们的文化与生活产生极大变化，除了琉球群岛以外，全岛进入下个绳文时代。
这时的琉球，远远比日本本岛要发达许多，因为琉球早早的成为中国的藩属，比日本更早的接受先进的中华文化，也开始使用汉字来记录史实。
绳文时代
约1万2千年前左右开始被称为绳文时代。分为草创期、早期、前期、中期、后期、晩期这6期。
这个时候的人们制作绳文式陶器、早期以后迈向定居化，大部分住在半地穴式房屋(竖穴式住居)。使用弓箭狩猎、贝冢渔捞、采集植物等经营生活，使用打制石器、磨制石器、骨角器等等。也进行栽培，后期到晩期间种植稻。 琉球处在过渡时期，他们一方面吸收著中华文化，一方面结合自己本来的民族特色，发明了"琉服"，后来"琉服"和"韩服"、"汉服"又同时影响日本，日本才创造出"和服"。
弥生时代
公元前8世纪左右至3世纪前后的期间被称为弥生时代。时代划分的名称，是由这个时期被视为代表特征性的弥生式陶器而来。以种植稻米为中心成立的农耕社会，由北部九州至日本列岛各地快速蔓延开。 琉球因为获得了高产量的种稻技术，因此人口大增，并且向外扩张，侵略并统一了琉球群岛周边的小国。
弥生式陶器 根据陶器的形式，可分为前、中、后三期。前期从九州扩展到近畿一带(东日本尚处于绳纹时代末期)，中期波及到东北地方。扁平片刃石斧等磨制石器、青铜器和前期北九州的支石墓等类似于大陆文化。弥生文化从一开始就具有先进的农耕技术，通常认为它受到了来自朝鲜的移民的影响。
中期以后灌溉技术进步，农业生产渐趋稳定。后期，铁制农具普及，石器基本消失。铜铎、铜剑、铜矛、铜戈等青铜祭器发达，出现制铁和制盐等社会分工。通过交易和战争等，形成了统一的政治性的地区集团。此时北海道尚不能种植水稻，仍处在绳纹文化阶段。 当时的日本列岛被中国称呼为倭、倭国。
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