从字面意思来看，日本珍珠和南洋珍珠是珍珠产地上的区别。日本是大家所熟知的，而南洋意指南太平洋一带。其实日本出产的淡水珠则称为琵琶珠。南洋珍珠几乎都属于海水珍珠，南太平洋地区中包括澳洲、印尼、菲律宾等地，均产南洋珍珠。除了价值居高的南洋白珠外，最为特别且风靡全球的要数金色南洋珍珠和大溪地珍珠。
一般人常听说日本akoya珍珠，正确来说，日本珍珠不等同于日本akoya珍珠，日本珍珠其实也有淡水珍珠和海水珍珠之分，但只有日本海水珍珠才称之为日本akoya珍珠（akoyapearls）。日本的淡水珍珠，出产的淡水珠被称为琵琶珠，因为日本最大的湖是琵琶湖，以往珠子的质素颇高，但近来此湖的水质大受污染，并且因为中国淡水珠珍珠市场的冲击，所以琵琶珠的生产几近停顿，目前中国已成为淡水珍珠的生产大国，日本也有大量进口中国的淡水珍珠。
而日本珍珠中的海水珍珠，产地主要是日本三重，雄本，爱媛县一带的濑户内海。 除了大小，日本珍珠和南洋珍珠的区别不同还在于颜色，日本珍珠一般以白色为主，常见有透粉的晕彩色泽，南洋珍珠除了圣洁高雅的白色外，还有富含贵族气息的金色，以及神秘魅惑的黑色系（大溪地珍珠）。
其南洋珍珠的价值比日本珍珠高好几倍甚至十几倍。表皮方面，日本海水珍珠多见轻微的生长纹理瑕疵，即使是最品质高的也不会完全没有，这个也是珍珠天然性的正常情况，无需鸡蛋里挑骨头。南洋珍珠品质好的表面相对光滑，极微瑕甚至几乎看不出什么瑕疵。 日本珍珠中的海水珍珠母贝主要是马氏贝，一般养殖时间3-4年，而南洋珍珠的母贝主要是金唇贝、白蝶贝和黑蝶贝，其贝体要比马氏贝大，可以养育更大的珍珠，养殖时间更长，至少需要5-6年。
因此，日本珍珠和南洋珍珠的区别第一在于珍珠的大小，日本珍珠的粒径范围一般在7-9mm之间，南洋珍珠的粒径一般在9mm以上，而达到13mm以上的属于珍稀收藏级别，价值更高。 由于大小规格上的差别，一般日本海水珍珠作为珍珠项链设计更受欢迎。
而南洋珍珠，被誉为珠宝中的皇后，直径较大，因此一般用于制作珍珠吊坠、耳环、戒指等。如果能匹配串成一条色泽一致的南洋珍珠项链，价值不菲！ 除了大小，二者区别还在于颜色，日本珍珠一般以白色为主，常见透粉的晕彩色泽，南洋珍珠除了圣洁高雅的白色外，还有富含贵族气息的金色及神秘魅惑的黑色。
表皮方面，日本海水珍珠多见轻微的生长纹理瑕疵，即使是品质高的也不会完全没有。南洋珍珠品质好的表面相对光滑，极微瑕甚至几乎看不出什么瑕疵。因此，要区分日本珍珠和南洋珍珠，可以从直径大小、色泽、表皮等结合判断。
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