对于鲸鱼集体自杀的原因，大多数人认为是由于某种原因干扰了鲸鱼对方向的判断，从而使其“误人歧途”。
鲸鱼并不是靠它的眼睛辨别方向的，这一点同海豚相似。鲸鱼的眼睛与它的身材是极不相称的，一头巨鲸的眼睛只有一个小西瓜那样大，而且一般只能看到17米以内的物体。
  一头巨大的鲸能看到的距离还没有自己的身体那么远。但鲸鱼具有一种天生的高灵敏度的回声测距本领。它们发射出的超声波频率范围极广，这种超声波遇到障碍后会立即反射回来，形成回声。鲸鱼就根据这种超声波的往返时间来准确地判断自己与障碍物的距离，定位非常准确，误差很小。
  
由于鲸鱼具有这个特点，如果非自然原因影响了鲸鱼的回声定位系统，就有可能使鲸鱼找不到方向。学者们对制造鲸鱼自杀惨案的“凶手”进行了追捕，并且找到了几个“嫌疑犯”。
1975年7月，在美国佛罗里达州发生了一群鲁莽的逆戟鲸在洛捷赫特基海滩集体搁浅的事件，动物学家发现鲸鱼的内耳中有许多圆形的昆虫。
  研究人员因此认为，耳内寄生虫破坏了鲸鱼的回声定位系统，可能是导致鲸鱼不能正确收听回声而犯致命错误的原因。
此外，那些污染海水的化学物质也有可能会扰乱鲸鱼的回声定位系统，所以环境污染也可能是致使鲸鱼搁浅的原因之一。另一些科学家通过解剖数头冲进海滩搁浅的自杀鲸鱼后发现，绝大多数死鲸的气腔两面红肿病变，因此科学家们认为，可能是由于鲸鱼定位系统发生病变使它丧失了定向、定位的能力，导致其搁浅海滩。
  鲸鱼的恋群性特征表明，只要有一只鲸鱼冲进海滩而搁浅，那么其余的就会奋不顾身地跟上去，造成接二连三的搁浅，最终形成集体自杀的惨剧。
伦敦大学生物系的西蒙德斯教授和美国拉斯帕尔马斯大学兽医系的胡德拉教授却认为，军舰发动机的噪音以及水下爆炸等才是鲸鱼集体自杀的真正原因。
  因为他们在将一系列鲸鱼集体自杀事件进行分析之后，发现了其中的巧合。
这种观点认为，在海洋深处定向、定标的发达的定位系统是每头健康的鲸鱼都拥有的，而那些军舰声呐和回声探测仪所发出的声波及水下爆炸的噪音，把鲸鱼的回声定位系统破坏了，从而导致鲸鱼集体冲上海滩自杀。
  
美国海军两年前曾进行过一系列实验，实验中产生了巨大的海底噪音，结果24小时之内，有16头鲸在巴哈马群岛群体触礁。哈佛医学院和伍兹霍尔海洋研究所对在该事件中死亡的两只鲸部分取样后进行了研究分析。鲸类听觉及解剖学专家通过研究发现，鲸的一些对强烈压力都很敏感的部位出现了损伤，如内耳出血，并伴有大脑、听觉系统和喉部的损伤。
  在其中一具鲸尸中，甚至连接耳鼓鼓膜的韧带都断裂了，这显然是由于受到了强烈的肢体冲撞而造成的。触礁事件之前的10年里，该地区的鲸类科学研究报告中都没有发现有类似状况的鲸。
为此，国际爱护动物基金会的海洋生物学家表示：“我们希望通过不杀害或威胁海洋哺乳动物的其他方式进行研究，尽管我们很清楚海军所致力的研究对国家安全至关重要。
  ”许多环保组织则对低频活动声呐表示关注。
对鲸鱼自杀之谜，科学家们做了种种推测后，普遍认为是人类社会的某种原因导致的悲剧。但联想到其他动物群体中一些难解的现象，鲸鱼的集体自杀也许是其社会中的一次集体行动。