不知是何原因，另一位著名史学家班固，在《汉书》中为司马迁立传时，连传主的生卒年月和死因都只字不提，致使后人为着司马迁的生卒年月和死因不停地打笔墨官司。 至于司马迁的死，《汉书》本传上只是说：“迁既死后，其书稍出。”司马迁是病故、被杀还是自尽，没有透露。
但公元前９１年后，一直跟汉武帝东游西走的司马迁再也见不到其行踪，这却是史实。司马迁倘若是病故，班固会秉笔直书的，从其本传的行文看，这一死因可排除。那么，司马迁的死就有两种可能，他杀或自尽。 东汉学者卫宏在他的《汉书旧仪注》中说：“司马迁作《景帝本纪》，极言其短，及武帝过，武帝怒而削去之。
后坐举李陵，降匈奴，故下蚕室，下狱死。”后来，许多史籍也沿用此说。但司马迁“下狱死”的说法亦有不可信处，明明司马迁为了写《史记》，受宫刑而抵死罪，怎么又死于狱中？《汉书》本传载：“迁既被刑之后，为中书令，尊宠任职。”受汉武帝“尊宠”并重用，怎么又会将其杀死呢？再说，司马迁写《史记》是“藏之名山”，他死后多年其外孙杨恽才把这部名著公诸于世，当时汉武帝是不会看到《景帝本纪》的。
这样一来，又有人说司马迁可能是自尽。 司马迁是很重视节操的知识分子，宁死也不愿受宫刑那样的奇耻大辱，但尊父命要写完《史记》，他只好忍辱苟活。征和二年（公元前９１年）冬，他写了著名的《报任少卿书》，实际上这是他的绝命书，此书信写后，司马迁便消声匿迹了。
他在信中抒发了自己遭受灾难的满腔悲愤，叙说了自己隐忍苟活的原因，讲到了对死的看法：“人固有一死，或重于泰山，或轻于鸿毛”。又在书信的结尾处说：“要之死日，然后是非乃定。”他给在狱中要判死刑的朋友任少卿写此信时，打算“藏之名山，传之其人”的《史记》已经完稿，感到再忍辱苟活便毫无意义了，遂向朋友剖白了心迹之后，便自尽身亡了。
所以一般公元90年被认为是他死的年份。
司马迁死于哪一年没有很确凿的记录。生前被阉割的司马迁，身体残缺，被禁止葬入祖坟，其妻只能葬于外地，如今尸骨未寻。 生年不祥，卒年更不祥，这或许是治史的司马迁，故意留给后人的一笔告白：生在哪年，是不重要的，死在哪年，也是不重要的，活着，才是人生的全部目的。
司马迁（约公元前145──前90年），字子长，左冯翊夏阳（今陕西韩城）人。他10岁开始读古书，学习十分认真，遇到疑难问题，总是反复思考，直到弄明白为止。20岁那年，司马迁从长安出发，到各地游历。后来回到长安，做了郎中。郎中守卫宫殿门户，管理车骑，随从皇帝出行。
他几次同汉武帝出外巡游，到过很多地方。35岁那年，汉武帝派他出使云南、四川、贵州等地。他了解到那里的一些少数民族的风土、人情。他父亲司马谈死后，公元前108年（元封三年），司马迁接替做了太史令。公元前104年（太初元年），与天文学家唐都等人共订“太初历”。
同年，开始动手编《史记》。公元前99年（天汉二年），李陵出击匈奴，兵败投降，汉武帝大怒。司马迁为李陵辩护，触怒了汉武帝，被捕下狱，做了中书令。他按照汉朝法令的规定出钱赎罪，受了“腐刑”。公元前96年（太始元年）获赦出狱，做了中书令，掌握皇帝的文书机要。
他发愤著书，全力写作《史记》，大约在55岁那年最后完成了全书的撰写和修改工作。除《史记》外，司马迁还作赋8篇，均已散失，唯《艺文类聚》卷30引征《悲士不遇赋》的片段。又作《报任安书》，记述他下狱受刑的经过和发愤修史的抱负。
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