这本书讲述的是主人公哈利·波特在霍格沃茨魔法学校第六年学习时（1996年—1997年）发生的故事。
鲁弗斯·斯克林杰接替康奈利·福吉成为了魔法部的部长。原因是魔法世界中的人们认为康奈利·福吉对于早些时候伏地魔对魔法世界发动的袭击处理不当。
西弗勒斯·斯内普施放了牢不可破的誓言，他向德拉科·马尔福的妈妈保证，他会在德拉科·马尔福的第一个食死徒任务中进行保护和帮助。
哈利·波特和阿不思·邓布利多成功说服了霍拉斯·斯拉格霍恩重返学校，担任魔药课教师，而西弗勒斯·斯内普教授则如愿以偿，成为了黑魔法防御课老师。
在一节哈利·波特忘带课本的魔药课上，霍拉斯·斯拉格霍恩借给了哈利一本旧的魔药课课本。哈利发现，这本旧课本上面签着“混血王子”这个名字，此外这本书上还有很多笔记。而哈利靠着这些笔记取得了甚至比赫敏·格兰杰还要优秀得魔药课成绩。
邓布利多用他的冥想盆向哈利展示了一些伏地魔过去的情况，并且认定伏地魔在过去曾经把自己的灵魂分成七份，并且将其中的六份藏入了魂器（一些可以永世长存的魔法物品）中。
其实，伏地魔的两个魂器已经被摧毁了，其中一个是被哈利·波特毁掉的汤姆·里德尔的日记[HP2]，另一个是由邓布利多毁掉的马沃罗·冈特的戒指。邓布利多相信想要杀死伏地魔，另外四个魂器也需要毁掉。所以，他和哈利前去取回萨拉查·斯莱特林的小金匣。邓布利多因为喝掉了保护小金匣的药剂而变得非常虚弱。
他们两个返回后发现黑魔标记出现在霍格沃茨魔法学校，这表示食死徒来到了霍格沃茨魔法学校并与教职员和学生发生了战斗。邓布利多释放咒语令藏在隐形衣下的哈利僵住。这之后，哈利便在别人看不到他的情况下目睹了一系列大事：德拉科·马尔福到来并且表示是他用魔法橱柜把食死徒带进了学校。
后来更多的食死徒赶到现场，催促德拉科·马尔福完成任务。但是，德拉科·马尔福面对邓布利多显得十分犹豫。此时，西弗勒斯·斯内普来了，他用“阿瓦达索命”这句咒语杀了邓布利多，履行了他和德拉科·马尔福的妈妈的誓言。后来，哈利一路追击西弗勒斯·斯内普（他表示自己就是“混血王子”）和德拉科·马尔福，但是他们仍然逃出了霍格沃茨魔法学校。
麦格教授成为了霍格沃茨魔法学校的临时校长，但是学校很可能将会因为不安全而被关闭。哈利发现他和邓布利多辛苦得到的斯莱特林小金匣是假的，真的小金匣被一个署名为R。A。B。的神秘人物取走。在邓布利多的葬礼结束之后，哈利决定无论怎样他都不回学校继续学习，而是去投身于毁掉伏地魔的所有魂器，并且立志最终战胜他，而赫敏及罗恩也表示他们会跟哈利一起执行这使命（详见HP5 预言）。
书中的混血王子其实是西弗勒斯·斯内普教授，因为其母的姓氏为 “Prince”（王子）。
内容简介:还有四天，哈利就要迎来自己十七岁的生日，成为一名真正的魔法师。然而，他不得不提前离开女贞路4号，永远离开这个他曾经生活过十六年的地方。
凤凰社的成员精心谋划了秘密转移哈利的计划，以防哈利遭到伏地魔及其追随者食死徒的袭击。然而，可怕的意外还是发生了……
与此同时，卷土重来的伏地魔已经染指霍格沃茨魔法学校，占领了魔法部，控制了半个魔法界，形势急转直下……
哈利在罗恩、赫敏的陪伴下，不得不逃亡在外，隐形遁迹。
为了完成校长邓布利多的遗命，一直在暗中寻机销毁伏地魔魂器的哈利，意外地获悉如果他们能够拥有传说中的三件死亡圣器，伏地魔将必死无疑。但是，伏地魔也早已开始了寻找死亡圣器的行动，并派出众多食死徒，布下天罗地网追捕哈利……
哈利与伏地魔在魔法学校的禁林中遭遇了，哈利倒在伏地魔抢先到手的一件致命的圣器之下……
然而，伏地魔未能如愿以偿，死亡圣器不可能战胜纯正的灵魂。
哈利赢得了这场殊死较量的最终胜利……。
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