生殖器出现短小的现象很可能是因为在母体时期，就出现了先天不良的现象，由于大人的营养不良，在肚子里面胎儿发育不良，缺少一些壮大生殖器的养份，而导致婴儿出生后阴茎短小
。有些生殖器短小现象的男性朋友们可能是因为在生殖器发育的时候，营养不良，或者是挑食导致的营养不良，使得一些能壮大生殖器官的含锌元素缺乏，导致阴茎短小;有些男性有包皮过长
或者包茎现象，过长的包皮将阴茎长时间包裹在里面，导致生长空间小，发育不良，以至出现小阴茎情况。一些外界的原因也是导致男性生殖器短小的很直接的原因，由于手淫的习惯，爱穿着紧身的内衣裤，此外，一些过于肥胖的人，尤其是腹部脂肪较多的男性，由于长时间赘肉挤压、压迫，使得阴茎不能正常发育，从而导致阴茎短小。一些疾病的原因也是导致生殖器不容忽视的原因，男性患了睾丸病变或者体内睾酮水平不正常，也会导致阴茎短小，受到外力损伤、撞击、折断等也会导致阴茎短小。
