首先，利用从某地获得的病原微生物作为疫苗的出发株制备的疫苗，均具有自身特有的血清型。而在疫苗应用前如果没有完全弄清楚该疫苗应用地的病原生物血清型，不明白疫苗出发出发株的血清型与疫苗预防对象血清型之间的关系时，良好的免疫保护力就是难以保证的。因为疫苗良好的免疫保护力是与血清型存在相关性的。不清楚该疫苗出发株的血清型是否能覆盖免疫接种地病原微生物的血清型，就有可能导致对免疫接种地病原微生物在免疫胁迫下，加速其病原微生物表面抗原的“漂变”，不仅会失去疫苗的免疫保护作用，还可能由于导致病原微生物出现更多血清型，给防控带来更多的困难。
其次，疫苗的使用者往往不大注意养殖鱼类存在免疫临界温度的问题。也可能是由于我国水产养殖方式大多低温季节放养鱼种，为了省事的养殖业者大多愿意选择此时进行免疫接种，结果就是因为此时的环境温度处于温水性鱼类的免疫临界温度以下，导致免疫接种没有实际意义。
其三，疫苗的使用者往往不注意养殖环境对鱼类免疫效果影响的问题。由于我国的淡水鱼类养殖大多实施多品种、多规格混养的模式，而一种病原（如嗜水气单胞菌）可以感染同池饲养的多种不同规格的鱼类，仅接种同池饲养的某种鱼可能难以出现良好的免疫预防疾病的效果。在恶劣的养殖环境中，即使接种疫苗也是难以让受免鱼类获得良好的免疫保护力的，因此，完全依靠疫苗达到预防养殖鱼类各种病害发生是几乎是不可能的，尤其是在我国的养殖模式是没有办法规范的的前提下，免疫接种成败的关键可能还是是养殖模式！
其四，一般而言，刚孵化出来的仔、幼鱼的特异性免疫系统尚未完善，仔、幼鱼的细胞免疫机制需要在孵出2周后，而体液免疫机制则需要在4~6周后才能建立（不同鱼类的免疫系统完备所需时间不同）。因此，鱼类自孵化后到免疫系统发育完善、能产生特异性免疫应答之前的一段时间内，主要是依靠来自母体的所谓母源免疫保护自身的。如果对免疫系统尚未发育完备的仔、幼鱼实施免疫接种疫苗时，就有可能导致受免鱼体产生免疫耐受。这是因为处于早期发育阶段的仔、幼鱼的免疫系统尚未完全形成，不仅不可能对外援性抗原物质产生特异性识别和相应的免疫应答，而且由于机体尚处于不能识别自我与非我的阶段，因而就可能诱导其免疫相关细胞产生所谓的“禁忌克隆”，导致受免鱼对接种的抗原产生免疫耐受。
