超声雾化器与压缩空气雾化器相比各有各的优点与缺点，从产生气雾颗粒的大小方面来说，超声雾化器较好，它产生的微米级气雾颗粒较小，容易透过呼吸道粘膜吸收。缺点是在众多医院使用的超声雾化器基本上都没有经常清洗内部风机气道 长期使用下，在风机气道内部沉积大量的污垢，当机外空气经过风机气道时被污染，此被污染的空气再将雾化气雾从机器内部气道吹出，被人体吸收造成污染。
压缩空气雾化器产生气雾颗粒没有超声雾化器产生气雾颗粒的小，特别是当压缩机产生的压缩气源压力下降时，药杯内部含药物的液体水分子相互碰撞作用力弱，使微米级气雾颗粒不够小，人体吸收率不强。其二，压缩机压缩泵长期使用下，由于气体被高度压缩后更会在气道内部产生大量的沉积污垢，被人体吸收造成重度污染。
它的优点是适合在医院场合下使用，因为一台压缩机工作可以同时供应多个一次性药杯供患者使用，方便了医院。如果是单独一台压缩空气雾化器的使用寿命要比超声雾化器的寿命长，因为超声雾化器的压电晶片使用久了会老化，超声转换效率下降，需要定期更换压电晶片。
压缩空气雾化器的使用寿命在于空气压缩机的压缩泵，压缩泵工作使用寿命相比压电晶片使用寿命长，但是也存在磨损。建议家庭购买超声雾化器时，要选择内部风机气道可以拆开清洗的机器，并且在每次使用完后要仔细清洗进气气道，有条件的可定期拆开机器，清洗内部的风机叶片，以防止污染被人体吸收。
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