京师是国都所在地，它的机构设置与列郡有所不同，不设郡守，而设内史为京师长官，《汉书·百官公卿表》云：“内史，周官，秦因之，掌治京师。”内史可以参与朝议，位同列卿，所以往往被作为中央官看待。内史的人选多从优秀郡守中遴任。内史属官可参用他郡人士，秩禄高于列郡。
  属吏有都水长、丞，铁官长，丞。廪牺令、丞，主管谷仓和饲养牲畜，以供祭祀。
郡设监御史，郡守，郡尉，分管一郡之政治、军事。
监御史，又叫郡监，《汉书·百官公卿表》云：“监御史，秦置，掌监郡。”《史记·萧相国世家》载：“秦御史监郡者与从事，掌辨之。
  ”集解引苏林注：“秦时无刺史，以御史监郡。”监御史隶属于御史中丞，是中央监临地方之官。
郡守，为一郡之长，六国均有此官，《汉书·百官公卿表》云：“郡守，秦置，掌治其郡，秩二千石，有丞，边郡又有长史，掌兵马，秩皆六百石。”郡守握有很大权力，除各县令长由中央任命外，一郡属吏都由郡守从本郡人士中辟举。
  其治郡方略，得以发挥个人才干，朝廷不加干预。
郡丞，协助郡守处理事务。边疆的郡，另有长史①，掌管兵马，郡守有缺，丞或长史代行其职，属吏有卒史、主簿、牧师令。卒史，萧何、周昌与其从兄均当过泗水郡卒史。
主簿，主管郡守府中簿书，《水经注·江水注》引《风俗通》云：“李冰为蜀守，主簿刺杀江神。
  ”
牧师令，《通典·职官七》云：“秦汉边郡，置六牧师令。”
郡尉，《汉书·百官公卿表》云：“郡尉，秦官，掌佐守典武职甲卒，秩比二千石。有丞，秩皆六百石。”《后汉书·桓帝纪》注引《汉官仪》云：“秦郡有尉一人，典兵禁，捕盗贼。”可见尉的职掌有二：一是辅佐郡守管理甲兵；二是主管逮捕盗贼。
  如秦二世时，任嚣曾任南海郡尉。尉下有丞，内地各郡设1人，大郡2人。边塞郡，百里一尉，尉下设士史、尉史各2人，负有保卫边塞的责任。郡尉直接受命于朝廷，独立开府者与郡守相等，不受郡守管辖。所以，在一郡之中，监御史、郡守、郡尉之间，虽然职务相联，但却不互相隶属。
  在关塞要地还设关都尉。又据《通典》引《汉官旧仪》云：“汉承秦制，郡置太守治民，断狱都尉治狱，都尉治盗贼甲卒兵马。”从这记载看来，好象秦时一郡有两尉。所以《通典》又说：“始皇并天下，郡置一守、一丞、两尉以典之。”这样，典兵断狱本来是有分职的。
郡以下设县，少数部族地区则设道，其体制与县相当。
  
县设令、长，《汉书·百官公卿表》载：“县令长，皆秦置，掌治其县，万户以上为令，秩千石至六百石。减万户为长，秩五百石至三百石。皆有丞，尉，秩四百石至三百石，是为长吏。百石以下有斗食，佐史之秩，是为少吏。”其实，县令、长是袭用六国的官称，非秦创置。
  县令、长均由朝廷任命。丞助令长办事，尉统一县甲兵，捕盗。丞尉是一县之长吏，斗食、佐史称为少吏。其属吏还有：
主吏，也称功曹，主管选用县之少吏和考绩。萧何曾任过沛县主吏，所以《史记·萧相国世家》称：“何于秦时为刀笔之吏”，就是说他主管考课之事。
  
令史，主管文书，荀悦《汉纪》一云：“陈婴故东阳令吏”，又《史记·项羽本纪》云：“陈婴故东阳令吏”。集解引晋灼注：“汉仪注曰：令吏曰令史，是令吏即令史也。”狱掾，主管监狱，曹参曾为沛狱掾。曹咎曾为蕲狱掾，司马欣曾为栎阳狱掾。
文无害，《史记·萧相国世家》云：“萧相国何者，沛丰人也，以文无害为沛主吏掾。
  ”《续汉书·百官志》说：“秋冬遣无害吏案审诸囚。”《史记》集解引《汉书音义》说：“文无害，以文无所枉害也。律有无害都吏，如今言公平吏。”《秦会要》引黄侃语云：“犹今人言笔下不错。”
厩驺，掌管一县之车马事宜，又叫厩司御。夏侯婴曾任沛县厩驺。
  
仓吏，主管仓储，《史记·货殖列传》云：“任氏为秦督道仓吏。”韦昭注：“督道，秦时边县名。”
狱吏，又叫治狱吏，监狱差役。任敖少年时曾当过狱吏。
县以下的组织是乡，乡以下是亭，亭以下是里。《汉书·百官公卿表》云：“大率十里一亭，亭有长，十亭一乡，乡有三老，有秩，啬夫，游徼。
  ”
三老，掌一乡之教化，凡有忠孝节义可以为民表率者，皆旌表其门，以为倡导。《墨子·备城门篇》云：“召三老在葆宫中者。”《管子·水地篇》云：“与三老里有司伍长行里。”《史记·滑稽列传》也有三老之称。
有秩，啬夫，大乡达到五千户的，郡给指派有秩。
  小乡不到五千户的，县给指派啬夫，二者不同时设置，但职责相同，主调解纠纷，平断曲直，收赋税，征徭役。
游徼，掌巡察盗贼。
亭长，《史记·高祖本纪》正义云：“亭长，主亭之吏……民有讼诤，吏留平辨，得成其政。”亭长之下设亭父、求盗两卒。《史记·高祖本纪》集解引应劭注：“旧时亭有两卒，一为亭父，掌开闭扫除，一为求盗，掌逐捕盗贼。
  ”
县尉、游徼、亭长，都要经常习练刀枪弓弩，带剑佩刀，持盾披甲以防盗贼。
民户聚居之处叫做里，犹如现在的“居民点”。孔子说：“里仁为美。”就是指邻里的里而言。一里居民多少不等。里设里正（秦讳“正”，改称里典），掌一里百家事，官名源于战国。
  《韩非子·外储说右篇》云：“訾其里正与伍老”可证。又设里监门，掌一里之监卫；《史记·张耳陈余列传》云：“张耳陈余乃变姓名，俱之陈，为里监门以自食。”集解引张晏注：“监门，里正卫也。”荀悦《汉纪》也说：“陈余张耳，俱隐身为里监门。”侯嬴也当过大梁夷门监门。
  《战国策·齐策四》云：“左右皆曰：‘……今夫士之高者，乃称匹夫，徒步而处农亩，下则鄙野、监门、闾里，士之贱也。”可见监门之官战国已有。里之下有什，主十家，伍主五家。伍有伍老，以相检查。
①《通典·职官十五》作以丞为长史。