在内部审核中，内审员应将生物安全管理体系文件（包括生物安全管理手册、程序文件和规章制度、实验相关标准规范指南、作业指导书等）作为准则，将实际的实验活动与这些管理体系文件的规定进行比较，通过现场提问、观察活动、检查设施设备、抽查相关记录等形式搜集客观证据，检查实验活动与生物安全管理体系的符合性。整个内审过程，内审员应注意尽可能全面地搜集是否满足管理体系要求的客观证据，搜集的证据应当尽可能高效率并且客观有效，不存在偏见，不困扰受审部门，如实记录被审核的现状，对发现的问题应及时提出并进行深人地调查，以便发现深层次的隐患，如有误解应及时沟通。审核完所有的活动后，内审员应当认真评价和分析所有审核发现，确定哪些作为不符合项，哪些作为改进建议，依据客观的审核证据编写清晰明确的不符合项和改进建议报告。
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