首先应该确认该设备的权属问题，如果明确为甲方，才可以全额作为甲方的固定资产，这个要看双方投资的约定了。 而根据你上面的描述，甲乙各出资50%，所以说设备应该是双方共有的，所以不应该全额确认为甲方的资产，也不存在乙方对甲方的投资。这样的话，也就没有后面你说的一系列的问题了。
这时的会计处理为： 按照投资金额（50%） 借：长期股权投资——XX项目 贷：银行存款 或者挂往来：长期应收款——XX项目 利润分成的话作为投资收益。 而XX项目需要单独设帐。 如果双方约定为甲方资产，其实质是乙方以现金对甲方进行投资，甲方用乙方资金和甲方自己的资金购买设备,乙方享有设备利润的分享权，这时乙方不能说是享有甲方的股权，所以甲方增加其实收资本是不合理的。
这时同样不存在你们后面所说涉及工商变更登记的一系列问题。 这时该投资应该确认为什么科目，由于没有现成制度可依，个人觉得可以作为资本公积或者一项长期应付款。即： 借：固定资产 贷：银行存款 借：银行存款(应收账款) 50% 贷: 资本公积/长期应付款 50%。
