羊肚菌菌种采取以下方法分离：(1) 分离材料要求各地科研单位为了探索羊肚菌菌种 分离材料，进行不断研究又有新的发现。任桂梅等通 过两年先后5次采集野生羊肚菌新鲜子实体，进行菌种分离、 纯化、复壮试验，认为组织分离菌种的子实体不做消毒处理可 以得到纯种。
  分离的成败，关键是子实体的选择。子实体不 仅要新鲜、没有虫蛀，而且还应(菌盖、菌柄)壁厚、菌柄基部没 有孔口和裂缝等。换言之，子实体应保持无菌状态，选取无菌 内壁组织作分离材料成功率较髙。此外，接种块组织不宜过 大，否则易剪穿盖壁和柄壁，造成接块污染;也不能过小，过小 则组织块中的菌丝尚未萌发即干，无法分离到菌种。
  廖志勇 等人的研究表明，羊肚菌子实体由羊肚菌菌丝体和伴 生菌菌丝复合扭结而成，常规菌种分离方法只能分离出伴生 菌菌丝，由伴生菌菌丝进行栽培试验，永远不能长出子实体。 伴生菌菌丝有很强的分散纤维素、木质素的能力，而羊肚菌菌丝则较弱。(2) 分离方法下面介绍羊肚菌三种分离法。
  ① 孢子分离法采集到的羊肚菌种菇，表面可能带有杂菌，可用75%的酒精擦洗2-3遍，然后再用无菌水冲洗数 次，用无菌纱布吸干表面水分。分离前还要进行器皿的消毒。把烧杯、玻璃罩、培养皿、剪刀、不锈钢钩、接种针、镊子、无菌 水、纱布等，一起置于髙压灭菌器内灭菌。
  然后连同酒精灯和 75%酒精或0。1%升汞溶液，以及装有经过灭菌的琼脂培养 基的三角瓶、试管，种菇等，放入接种箱或接种室内进行一次消毒。孢子采集具体可分整朵插种菇、三角瓶钩悬等方法。操 作时要求在无菌条件下进行。整菇插种法:在接种箱中，将经消毒处理的整朵种菇，插 入无菌孢子收集器里;再将孢子收集器置于适温下，让其自然 弹射孢子。
  三角瓶钩悬法:将消过毒的种菇，用剪刀剪取拇指大小的 菇盖，挂在钢钩上，迅速移入装有培养基的三角瓶内。菇盖距离培养基2-3厘米，不可接触到瓶壁，随手把棉塞塞入瓶口。 为了便于筛选，一次可以多挂几个瓶子。② 组织分离法组织分离法属无性繁殖法。它是利用羊肚菌子实体的组织块，在适宜的培养基和生长条件下分离培 养纯菌丝的一种简便方法。
  操作过程见图5-4。
  ③ 基内分离法把野外采集羊肚菌种菇的地面，挖取基质含腐殖物土壤，除去附着物，提取其中粗壮、新鲜的菌丝夹， 清水洗净，晾干;在无菌条件下，用无菌水反复冲洗、纱布吸干 后，用接种针钩取菌丝夹先端的一小块，移接入试管斜面或培 养皿的培养基上，在25度条件下培育以上各分离法均可提纯取组织块部位培育出母种。